PDB-3i2k: Cocaine Esterase, wild type, bound to a DTT adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i2k

タイトル

Cocaine Esterase, wild type, bound to a DTT adduct

要素

Cocaine esterase

コカインエステラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Alpha/Beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

コカインエステラーゼ / cocaine catabolic process /

carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Tesmer, J.J.G. / Nance, M.R.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of thermostabilizing mutations of cocaine esterase.
著者: Narasimhan, D. / Nance, M.R. / Gao, D. / Ko, M.C. / Macdonald, J. / Tamburi, P. / Yoon, D. / Landry, D.M. / Woods, J.H. / Zhan, C.G. / Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K.

履歴

登録	2009年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i2k.cif.gz	155.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i2k.ent.gz	121.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i2fC 3i2gC 3i2hC 3i2iC 3i2jC 1ju3S 1ju4 1l7q 1l7r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i2j-1 3i2f-1 3i2h-1 3pui-1 3i2i-1 4p08-1 2q8i-1 4f1n-2 1tt5-1 7b3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

A: Cocaine esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.513, 105.513, 222.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cocaine esterase / コカインエステラーゼ分子量: 63710.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア) 株: MB1 / 遺伝子: cocE / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gold (DE3) 参照: UniProt: Q9L9D7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Cocaine esterase /

コカインエステラーゼ

分子量: 63710.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
株: MB1 / 遺伝子: cocE / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gold (DE3)
参照: UniProt: Q9L9D7,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 873分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DBC / (4S,5S)-4,5-BIS(MERCAPTOMETHYL)-1,3-DIOXOLAN-2-OL 分子量: 182.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₃S₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

日付: 2007年4月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→40 Å / Num. obs: 114633 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.51-1.56	5.9	0.544	1	100
1.56-1.63	8.2	0.433	1	100
1.63-1.7	8.5	0.322	1	100
1.7-1.79	8.5	0.232	1	100
1.79-1.9	8.5	0.153	1	100
1.9-2.05	8.5	0.102	1	100
2.05-2.26	8.5	0.076	1	100
2.26-2.58	8.5	0.072	1	100
2.58-3.25	8.1	0.072	1	100
3.25-40	8	0.044	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: Difference fourier
開始モデル: PDB: 1JU3

1ju3

解像度: 1.51→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / SU B: 0.842 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.152	5722	5 %	RANDOM
R_work	0.14568	-	-	-
obs	0.14568	114339	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4383	0	39	862	5284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	1.961	6974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	8130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.357	5	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.661	23.684	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.206	15	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.983	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.12	1.5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.983	2	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.581	3	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.563	4.5	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.511→1.55 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.219	8299	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.808 Å / Origin y: 64.846 Å / Origin z: -0.254 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0097 Å²	0.0077 Å²	0.0117 Å²	-	-0.0427 Å²	0.0047 Å²	-	-	-0.0316 Å²
L	0.3285 °²	0.0871 °²	0.1017 °²	-	0.2855 °²	-0.0022 °²	-	-	0.3625 °²
S	0.0215 Å °	-0.0214 Å °	0.0048 Å °	0.031 Å °	-0.0052 Å °	0.0274 Å °	0.0361 Å °	-0.0037 Å °	-0.0163 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 575
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	588 - 595
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	596 - 598

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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