+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3i2j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cocaine Esterase, wild type, without a ligand | ||||||
Components | Cocaine esterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information cocaine esterase / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Difference fourier / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Tesmer, J.J.G. / Nance, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Protein Eng.Des.Sel. / Year: 2010 Title: Structural analysis of thermostabilizing mutations of cocaine esterase. Authors: Narasimhan, D. / Nance, M.R. / Gao, D. / Ko, M.C. / Macdonald, J. / Tamburi, P. / Yoon, D. / Landry, D.M. / Woods, J.H. / Zhan, C.G. / Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3i2j.cif.gz | 148.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3i2j.ent.gz | 115.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3i2j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/3i2j | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3i2fC 3i2gC 3i2hC 3i2iC 3i2kC 1ju3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 63710.094 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (bacteria) Strain: MB1 / Gene: cocE / Plasmid: pET-22b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL-21 gold (DE3) References: UniProt: Q9L9D7, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.57 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Detector | Date: Mar 9, 2007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 49966 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: Difference fourier Starting model: PDB: 1JU3 Resolution: 2.01→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / SU B: 2.491 / SU ML: 0.071 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.523 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.808 Å / Origin y: 64.846 Å / Origin z: -0.254 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|