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万見
- PDB-7eq9: Cryo-EM structure of designed protein nanoparticle TIP60 (Truncat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eq9
タイトルCryo-EM structure of designed protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral Protein composed of 60-mer fusion proteins)
要素TIP60
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Artificial designed protein complex / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Obata, J. / Kawakami, N. / Tsutsumi, A. / Miyamoto, K. / Kikkawa, M. / Arai, R.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H02522 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K05324 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17KK0104 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16K05841 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101115 日本
引用
ジャーナル: Chem Commun (Camb) / 年: 2021
タイトル: Icosahedral 60-meric porous structure of designed supramolecular protein nanoparticle TIP60.
著者: Junya Obata / Norifumi Kawakami / Akihisa Tsutsumi / Erika Nasu / Kenji Miyamoto / Masahide Kikkawa / Ryoichi Arai /
要旨: Supramolecular protein nanoparticles and nanocages have potential in a broad range of applications. Recently, we developed a uniform supramolecular protein nanoparticle, TIP60, symmmetrically self- ...Supramolecular protein nanoparticles and nanocages have potential in a broad range of applications. Recently, we developed a uniform supramolecular protein nanoparticle, TIP60, symmmetrically self-assembled from fusion proteins of a pentameric Sm-like protein and a dimeric MyoX-coil domain. Herein, we report the icosahedral 60-meric structure of TIP60 solved using single-particle cryo-electron microscopy. Interestingly, the structure revealed 20 regular-triangle-like pores on the surface. TIP60 and its mutants have many modifiable sites on their exterior and interior surfaces. The TIP60 architecture will be useful in the development of biomedical and biochemical nanoparticles/nanocages for future applications.
#1: ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2018
タイトル: Design of Hollow Protein Nanoparticles with Modifiable Interior and Exterior Surfaces.
著者: Norifumi Kawakami / Hiroki Kondo / Yuki Matsuzawa / Kaoru Hayasaka / Erika Nasu / Kenji Sasahara / Ryoichi Arai / Kenji Miyamoto /
要旨: Protein-based nanoparticles hold promise for a broad range of applications. Here, we report the production of a uniform anionic hollow protein nanoparticle, designated TIP60, which spontaneously ...Protein-based nanoparticles hold promise for a broad range of applications. Here, we report the production of a uniform anionic hollow protein nanoparticle, designated TIP60, which spontaneously assembles from a designed fusion protein subunit based on the geometric features of polyhedra. We show that TIP60 tolerates mutation and both its interior and exterior surfaces can be chemically modified. Moreover, TIP60 forms larger structures upon the addition of a cationic protein. Therefore, TIP60 can be used as a modifiable nano-building block for further molecular assembly.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31256
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31256
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP60
B: TIP60
C: TIP60
D: TIP60
E: TIP60
F: TIP60
G: TIP60
H: TIP60
I: TIP60
J: TIP60
K: TIP60
L: TIP60
M: TIP60
N: TIP60
O: TIP60
P: TIP60
Q: TIP60
R: TIP60
S: TIP60
T: TIP60
V: TIP60
W: TIP60
X: TIP60
Y: TIP60
Z: TIP60
AA: TIP60
BA: TIP60
CA: TIP60
DA: TIP60
EA: TIP60
FA: TIP60
GA: TIP60
HA: TIP60
IA: TIP60
JA: TIP60
KA: TIP60
LA: TIP60
MA: TIP60
NA: TIP60
OA: TIP60
PA: TIP60
QA: TIP60
RA: TIP60
SA: TIP60
TA: TIP60
UA: TIP60
VA: TIP60
WA: TIP60
XA: TIP60
YA: TIP60
ZA: TIP60
AB: TIP60
BB: TIP60
CB: TIP60
DB: TIP60
EB: TIP60
FB: TIP60
GB: TIP60
HB: TIP60
IB: TIP60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,067,65460
ポリマ－1,067,65460
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Molecular weight estimated by SAXS is 1063 kDa corresponding to molecular weight of 60-meric complex (1066 kDa). This SAXS data has been deposited to SASBDB as accession code SASDDZ8., ...根拠: SAXS, Molecular weight estimated by SAXS is 1063 kDa corresponding to molecular weight of 60-meric complex (1066 kDa). This SAXS data has been deposited to SASBDB as accession code SASDDZ8., light scattering, Molecular weight determined by SEC-MALS is 1096 kDa corresponding to molecular weight of 60-meric complex (1066 kDa).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
TIP60


分子量: 17794.227 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Designed fusion protein of pentameric Sm-like protein (3BY7) and dimeric MyoX-coil domain (2LW9)
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60-meric complex of designed fusion proteins TIP60 / タイプ: COMPLEX
詳細: 60-meric complex of designed fusion proteins of a pentameric Sm-like protein (3BY7) and a dimeric MyoX-coil domain (2LW9)
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.066 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pETDuet-1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2300 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸EDTAエチレンジアミン四酢酸1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1755
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 175419
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115596 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 205.47 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
13BY7

3by7

3BY712-86
22LW9

2lw9

2LW921-47
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 205.47 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002263000
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.469384540
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041710080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003110740
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.34528100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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