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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e1y | ||||||
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タイトル | Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu | ||||||
要素 | Glycoside hydrolase, family 57グリコシダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / amylopullulanase | ||||||
機能・相同性 | Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / Glycoside hydrolase, family 57 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylothermus marinus (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, D. / Li, X. / Woo, E.-J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Staphylothermus marinus amylopullulanase -SmApu 著者: Li, D. / Li, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e1y.cif.gz | 758.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e1y.ent.gz | 636.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75983.641 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylothermus marinus (strain ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1) (古細菌) 株: ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1 / 遺伝子: Smar_1407 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DPD7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The octamer of glycoside hydrolase family 57. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Staphylothermus marinus (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl acetate |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 272770 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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