PDB-7dli: Crystal structure of mouse CRY1 in complex with KL001 compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dli

タイトル

Crystal structure of mouse CRY1 in complex with KL001 compound

要素

Cryptochrome-1

クリプトクロム

キーワード

CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRY /

CRY1 (クリプトクロム) /

cryptochrome (クリプトクロム) / PHR

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway /

lipid storage /

regulation of DNA damage checkpoint / response to glucagon /

regulation of gluconeogenesis /

E-box binding / entrainment of circadian clock by photoperiod ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation.
著者: Miller, S. / Srivastava, A. / Nagai, Y. / Aikawa, Y. / Tama, F. / Hirota, T.

履歴

登録	2020年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dli.cif.gz	662.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dli.ent.gz	451.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dli	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7d0mC 7d0nC 7ej9C 6kx4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	22620 20447 7bfp-d 5fwy-d 4haw-d 5f7s-d 4hax-d 4hav-d 2825 3125 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cryptochrome-1

B: Cryptochrome-1

C: Cryptochrome-1

ヘテロ分子

173 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein is monomeric in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.598, 134.824, 145.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	1	(chain "A" and (resid 3 through 22 or (resid 23...
d_2	1	(chain "B" and (resid 3 through 21 or (resid 22...
d_3	1	(chain "C" and (resid 3 through 28 or (resid 29...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	1	VAL	TRP	A	1 - 219
d_1	2	1	GLY	SER	A	239 - 393
d_1	3	1	CYS	TYR	A	396 - 472
d_1	4	1	LIG	LIG	B
d_2	1	1	VAL	LEU	C	1 - 35
d_2	2	1	VAL	TRP	C	38 - 221
d_2	3	1	GLY	SER	C	241 - 395
d_2	4	1	CYS	TYR	C	397 - 473
d_2	5	1	LIG	LIG	D
d_3	1	1	VAL	LEU	E	2 - 36
d_3	2	1	VAL	SER	E	46 - 384
d_3	3	1	CYS	TYR	E	392 - 468
d_3	4	1	LIG	LIG	F

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.996615017718, -0.0746965914706, -0.0343354871983), (0.0786167638167, 0.988079810386, 0.132354420985), (0.0240397775668, -0.134605748502, 0.990607582025)	6.87174715024, 36.9589094014, 24.8247540525
2	given	(0.994299321143, -0.0915638040258, -0.0546345107696), (-0.0843152057058, -0.988845977433, 0.122778577124), (-0.0652671897779, -0.117472135871, -0.990929105049)	37.9601362099, 3.32056466481, -48.0247790352

#1: タンパク質	Cryptochrome-1 / クリプトクロム分子量: 57371.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P97784
#2: 化合物	ChemComp-H8X / N-[(2R)-3-carbazol-9-yl-2-oxidanyl-propyl]-N-(furan-2-ylmethyl)methanesulfonamide 分子量: 398.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% (w/v) PEG3350, 3% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M NH4Cl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→53.38 Å / Num. obs: 78355 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.72 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 11226 / CC_1/2: 0.858 / R_pim(I) all: 0.188 / R_rim(I) all: 0.415 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2	0.6.467	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KX4

6kx4

解像度: 2.2→51.17 Å / SU ML: 0.2384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6998
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	3988	5.1 %
R_work	0.1901	74153	-
obs	0.1921	78141	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10763	0	88	400	11251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	11172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9324	15302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	1965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.1788	1554

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.893876999651
1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.11532715115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2986	136	0.2332	2515	X-RAY DIFFRACTION	95.7
2.23-2.26	0.3336	140	0.2637	2580	X-RAY DIFFRACTION	97.46
2.26-2.29	0.2981	123	0.2387	2629	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.29-2.32	0.2529	134	0.2023	2590	X-RAY DIFFRACTION	97.49
2.32-2.35	0.2461	136	0.1947	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.35-2.39	0.2467	143	0.1891	2586	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.39-2.42	0.217	166	0.1922	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.42-2.46	0.25	138	0.1903	2616	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.46-2.5	0.2021	156	0.1856	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.5-2.55	0.2453	141	0.1921	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.55-2.6	0.2634	152	0.2009	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.6-2.65	0.2633	142	0.202	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.65-2.71	0.2182	143	0.2043	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.71-2.77	0.2465	152	0.21	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-2.84	0.2591	150	0.2073	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.84-2.92	0.2525	136	0.2087	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.92-3.01	0.2341	169	0.1995	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.01-3.1	0.2425	137	0.2062	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3.1-3.21	0.2371	143	0.2042	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.21-3.34	0.253	107	0.2081	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.34-3.49	0.2476	138	0.1911	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.49-3.68	0.2233	144	0.1792	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.68-3.91	0.1606	130	0.1617	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.91-4.21	0.1945	135	0.1553	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.21-4.63	0.2031	139	0.1573	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.63-5.3	0.2085	155	0.1792	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.48
5.3-6.68	0.2217	154	0.1971	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.28
6.68-51.17	0.2254	149	0.1831	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.46805938811	-0.664010890142	-0.0544361519143	1.82015031407	-0.017290266492	1.26640687444	0.054967087293	0.360828952824	0.17660099453	-0.301128256301	-0.0524310548956	-0.0224407906942	-0.0748600255103	-0.16481488978	-0.013169206345	0.243565093664	0.0158051728744	-0.0126310443003	0.296228741279	-0.0262678437448	0.169510515746	20.1134395248	6.89078609846	-48.7363727669
2	1.42691264551	0.629237489908	-0.597519525655	1.63744497408	-0.254186118077	1.90432936896	7.98716693422E-5	-0.0298957586095	0.127337166531	0.0460732197932	-0.00816249674364	0.139268594149	-0.157167943196	-0.114469433965	0.0204062499486	0.249820182121	0.059044753941	-0.00182150743295	0.183909701588	-0.0576910772401	0.185538846396	19.3578846907	11.4403594703	-32.2654693942
3	1.91456293748	1.53756338752	1.31624366945	2.70707979837	1.56443305074	2.12146477126	-0.133775979055	0.33188356897	-0.191626416153	0.0999737108002	0.229639226437	-0.270286104509	-0.0540656390644	0.42375840395	-0.084544957271	0.171198044354	-0.00253183547733	0.0141802452287	0.281962474354	-0.0242724520768	0.205276293794	38.6103903099	7.88136991517	-37.7137413977
4	1.14745305135	-0.137769017128	-0.95518028417	0.839686098947	0.115866815137	3.11841836203	-0.0573611374841	-0.196778601099	-0.206425058229	0.0224460273682	0.0513800843581	-0.0898372639239	0.0708647048422	0.185568024388	-0.0131268175453	0.177306409651	0.033621446206	-0.0132642783735	0.23187485804	-0.0158526924709	0.22220385264	24.4150184465	-12.8125027204	-20.8938808372
5	2.25008435333	-0.223872148854	-0.025386344756	1.50198642658	-0.122504446558	1.29233874232	0.0566536236159	0.519563931386	0.10310135679	-0.207190618537	0.020717183492	-0.0235368093111	0.0656069621006	-0.0931655644976	-0.067699320263	0.187086874708	-0.00652090519712	-0.0253898230937	0.221595663733	0.0107714713112	0.166909693343	27.8109289144	38.8987045669	-23.7536039074
6	3.55575403901	0.708036776944	0.872414070029	1.61809927427	0.544433878806	0.798399922163	-0.0169592135089	0.206516239343	0.265057622473	-0.104999313819	0.152911912912	0.338656346827	0.0158956594035	-0.384503491854	-0.190449135273	0.188332943338	0.0148951985862	0.0151163593184	0.293709000971	0.0811011028496	0.277991523202	14.3549422134	45.0719824864	-15.5106225328
7	1.93680943132	-0.262055119606	-1.20990022905	1.46129681406	0.337518240993	1.91762392174	0.0804383138847	-0.175500391397	0.163882232986	0.191585886598	-0.00480313395649	-0.282219325124	-0.103827729723	0.336463319878	-0.0607131557841	0.174973229978	-0.0153728000815	-0.026698246991	0.176307344664	0.00540870382626	0.180939945487	41.3404806928	44.6037418357	-7.8502646472
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14	1.22254608345	0.305269092696	0.898797500186	1.18630777803	-0.0854652129088	2.72129498845	0.0234451631371	0.164780937336	-0.106627286264	-0.0915161713336	0.0776332705946	-0.0233774136983	0.155043153379	0.106784690217	-0.0975747585772	0.172967892614	0.010973968753	0.0127788991567	0.13460956899	-0.0300592711244	0.139065134667	66.0924717099	10.3057026437	-20.8005971105
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16	3.50710882491	0.527072675091	1.80190102278	2.10528321169	0.5356828459	6.49535517783	-0.0710900346036	-0.102813468793	-0.109989215791	0.0911778784988	-0.00663015761475	-0.215615448264	-0.0647775644796	0.833611063274	-0.0350889866772	0.302780998209	-0.0536418026704	0.0696102142281	0.343805661729	-0.0171127181838	0.279125996226	79.0365886882	22.0580351518	-20.6159660694

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 171 )	A	A	3 - 171	1 - 160
2	2	chain 'A' and (resid 172 through 261 )	A	A	172 - 261	161 - 250
3	3	chain 'A' and (resid 262 through 300 )	A	A	262 - 300	251 - 289
4	4	chain 'A' and (resid 301 through 488 )	A	A	301 - 488	290 - 472
5	5	chain 'B' and (resid 3 through 171 )	B	C	3 - 171	1 - 162
6	6	chain 'B' and (resid 172 through 213 )	B	C	172 - 213	163 - 204
7	7	chain 'B' and (resid 214 through 300 )	B	C	214 - 300	205 - 291
8	8	chain 'B' and (resid 301 through 490 )	B	C	301 - 490	292 - 475
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 69 )	C	E	2 - 69	1 - 68
10	10	chain 'C' and (resid 70 through 119 )	C	E	70 - 119	69 - 118
11	11	chain 'C' and (resid 120 through 171 )	C	E	120 - 171	119 - 170
12	12	chain 'C' and (resid 172 through 213 )	C	E	172 - 213	171 - 212
13	13	chain 'C' and (resid 214 through 300 )	C	E	214 - 300	213 - 280
14	14	chain 'C' and (resid 301 through 421 )	C	E	301 - 421	281 - 401
15	15	chain 'C' and (resid 422 through 472 )	C	E	422 - 472	402 - 452
16	16	chain 'C' and (resid 473 through 496 )	C	E	473 - 496	453 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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