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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d2g | |||||||||
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タイトル | Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC | |||||||||
要素 | Liprin-alpha-2 | |||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Coiled-coil (コイルドコイル) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / postsynaptic specialization / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / postsynaptic specialization / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / cell-matrix adhesion / synapse organization / シナプス小胞 / presynaptic membrane / 樹状突起スパイン / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Liang, M. / Wei, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Oligomerized liprin-alpha promotes phase separation of ELKS for compartmentalization of presynaptic active zone proteins. 著者: Liang, M. / Jin, G. / Xie, X. / Zhang, W. / Li, K. / Niu, F. / Yu, C. / Wei, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d2g.cif.gz | 94 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d2g.ent.gz | 76.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6453.071 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 102-150 / 変異: L106M, C143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 31730 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 27.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 3.72 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.01 Å2 / Biso mean: 50.1042 Å2 / Biso min: 26.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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