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- PDB-7cyu: Crystal structure of human BAF57 HMG domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cyu
タイトルCrystal structure of human BAF57 HMG domain
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / SWI/SNF (SWI/SNFファミリー)
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / N-acetyltransferase activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition ...bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / N-acetyltransferase activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / nucleosomal DNA binding / positive regulation of myoblast differentiation / 神経発生 / nuclear receptor binding / positive regulation of cell differentiation / 動原体 / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Heo, Y. / Yun, J.H. / Park, J.H. / Lee, W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the HMG domain of human BAF57 and its interaction with four-way junction DNA.
著者: Heo, Y. / Park, J.H. / Kim, J. / Han, J. / Yun, J.H. / Lee, W.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7483
ポリマ－8,5561
非ポリマー1922
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.873, 58.873, 50.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / BRG1-associated factor 57 / BAF57


分子量: 8555.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCE1, BAF57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969G3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 3481 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 21.62
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 312 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3tq6

3tq6


解像度: 2.55→35.79 Å / SU ML: 0.3541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.7831 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 352 10.11 %
Rwork0.2334 3129 -
obs0.2377 3481 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数531 0 10 16 557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4713744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1234332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.920.31761120.26821009X-RAY DIFFRACTION98.68
2.92-3.670.30061170.26231042X-RAY DIFFRACTION100
3.67-35.790.25561230.21351078X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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