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万見
- PDB-7crm: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycolicibacterium smeg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7crm
タイトルAminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycolicibacterium smegmatis-APO Structure
要素Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / aminoglycoside acetyltransferase / antibiotics (抗生物質)
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / response to antibiotic / Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Jeong, C.S. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical analyses of an aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Jeong, C.S. / Hwang, J. / Do, H. / Cha, S.S. / Oh, T.J. / Kim, H.J. / Park, H.H. / Lee, J.H.
履歴
登録2020年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
C: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
D: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0448
ポリマ－92,7954
非ポリマー2484
水2,468137
1
A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5224
ポリマ－46,3982
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
2
C: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
D: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5224
ポリマ－46,3982
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.008, 81.212, 129.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / AAC(2')-Id


分子量: 23198.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: aac, MSMEG_0434, MSMEI_0423 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P94968, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→50 Å / Num. obs: 26178 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Num. unique obs: 1297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M44

1m44


解像度: 2.487→34.421 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 1267 4.85 %
Rwork0.193 --
obs0.1968 26122 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.487→34.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5796 0 16 137 5949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9487936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4993423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051047
LS精密化 シェル解像度: 2.487→2.5865 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3565 147 -
Rwork0.2426 2582 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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