+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z4j | ||||||
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Title | Structure of Tailor in complex with U4 RNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/RNA / Terminal uridylyltransferase / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of miRNA catabolic process / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / pre-miRNA processing / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019 Title: Structural insights into a unique preference for 3' terminal guanine of mirtron in Drosophila TUTase tailor. Authors: Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z4j.cif.gz | 230.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z4j.ent.gz | 185 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z4j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5z4aC 5z4cC 5z4dC 5z4mC 4nktS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41702.457 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Tailor, CG1091 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9VI58, RNA uridylyltransferase |
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#2: RNA chain | Mass: 1179.706 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Drosophila melanogaster (fruit fly) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Lithium chloride, 0.1M Tris pH 8.4, 15% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.82→50 Å / Num. obs: 35229 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 25.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.122 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NKT Resolution: 1.82→37.077 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 267.59 Å2 / Biso mean: 39.9293 Å2 / Biso min: 14.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.82→37.077 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 4.1896 Å / Origin y: 25.6082 Å / Origin z: 16.0823 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |