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- PDB-7ak3: CLK1 bound with CAF052 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ak3
タイトルCLK1 bound with CAF052
要素Dual specificity protein kinase CLK1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / CLK1 / Kinase (キナーゼ) / Inhibitor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RH8 / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schroeder, M. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure and Inhibitor Identifications Reveal Targeting Opportunity for the Atypical MAPK Kinase ERK3.
著者: Schroder, M. / Filippakopoulos, P. / Schwalm, M.P. / Ferrer, C.A. / Drewry, D.H. / Knapp, S. / Chaikuad, A.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9862
ポリマ－39,5821
非ポリマー4041
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.022, 64.159, 78.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39581.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-RH8 / ~{N}-[3-fluoranyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-4-pyrazolo[1,5-b]pyridazin-3-yl-pyrimidin-2-amine


分子量: 404.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21FN8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 23% PEG 6000, 0.1 M bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.96 Å / Num. obs: 13502 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 31003 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.62.30.468353415270.880.3740.6031.898.1
9.01-47.962.20.0376492950.9940.0290.04718.594.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z57

1z57


解像度: 2.5→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 33.025 / SU ML: 0.317 / SU R Cruickshank DPI: 0.6554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 689 5.1 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2134 12810 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.44 Å2 / Biso mean: 72.692 Å2 / Biso min: 50.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.44 Å20 Å22.8 Å2
2---9.05 Å20 Å2
3---5.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2682 0 30 19 2731
Biso mean--54.5 68.6 -
残基数----337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.6383792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1611.5865796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4925338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64522.378143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06615458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2061514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02604
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 41 -
Rwork0.357 944 -
all-985 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3176-0.0721-1.2481.91150.52462.4565-0.0257-0.01610.0299-0.0482-0.03710.2017-0.1213-0.01380.06280.02860.0272-0.01630.0392-0.0080.05117.961610.468222.4888
22.51420.8807-0.30952.37920.49383.794-0.21270.22360.0509-0.41940.0920.0401-0.11820.2530.12070.1038-0.01340.03460.0682-0.01040.154922.82371.02275.0905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A147 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2A339 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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