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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ab8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a GDNF-GFRalpha1 complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adams, S.E. / Earl, C.P. / Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A two-site flexible clamp mechanism for RET-GDNF-GFRα1 assembly reveals both conformational adaptation and strict geometric spacing. 著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh ...著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh / Francesca M Houghton / Svend Kjær / Neil Q McDonald / ![]() 要旨: RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET ...RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET stimulating its cytoplasmic kinase function. The principles for RET ligand-co-receptor recognition are incompletely understood. Here, we report a crystal structure of the cadherin-like module (CLD1-4) from zebrafish RET revealing interdomain flexibility between CLD2 and CLD3. Comparison with a cryo-electron microscopy structure of a ligand-engaged zebrafish RET-GDNF-GFRα1a complex indicates conformational changes within a clade-specific CLD3 loop adjacent to the co-receptor. Our observations indicate that RET is a molecular clamp with a flexible calcium-dependent arm that adapts to different GFRα co-receptors, while its rigid arm recognizes a GFL dimer to align both membrane-proximal cysteine-rich domains. We also visualize linear arrays of RET-GDNF-GFRα1a suggesting that a conserved contact stabilizes higher-order species. Our study reveals that ligand-co-receptor recognition by RET involves both receptor plasticity and strict spacing of receptor dimers by GFL ligands. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 23366.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: gfra1a, gfralpha1a / プラスミド: pBacPAK-LL-zGFRa1a1-352-3C-ProteinA 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TT9 |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 11281.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: gdnf / プラスミド: pBacPAK-LL-melittin-zGDNFmat.-3C-ProteinA 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TU0 |
-糖 , 1種, 1分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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-非ポリマー , 3種, 229分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-PEG / ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG 20K, MeCN, NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→50.78 Å / Num. obs: 25823 / % possible obs: 91.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05616 / Rpim(I) all: 0.05616 / Rrim(I) all: 0.07942 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3711 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique obs: 1368 / CC1/2: 0.797 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.3711 / Rrim(I) all: 0.5247 / % possible all: 53.94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3FUB 解像度: 2.2→50.76 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6954 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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