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Yorodumi- PDB-7a0y: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant,... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0y | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant, at pH 8.2, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / chimeric Fab / antibody | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria) Gallus gallus (chicken) Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Fippel, A. / Mir, S.H. / Lentes, C.J. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
Funding support | Germany, European Union, 5items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a0y.cif.gz | 756.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a0y.ent.gz | 519.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a0y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7a0wSC 7a0xC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44047.324 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K300R Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: K300R variant of NhaA and 5 additional residues at the N-terminus (NLGIL) Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria) Gene: nhaA, STM0039 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): NM554 / References: UniProt: Q8ZRZ3 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
#2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): JM83 #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): JM83 |
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-Non-polymers , 7 types, 160 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-3PE / | #9: Chemical | ChemComp-CL / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 65.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 30 % PEG400, 0.1 mM 2-aminoperimidine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.968 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→24.74 Å / Num. obs: 57756 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 56.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.77 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2890 / CC1/2: 0.496 / % possible all: 70.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7A0W Resolution: 2.45→24.74 Å / SU ML: 0.2856 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.1039 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→24.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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