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Yorodumi- PDB-7a0x: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, cr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0x | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, crystallized with chimeric Fab antibodies | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) Gallus gallus (chicken) Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Fippel, A. / Lentes, C.J. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
Funding support | Germany, European Union, 5items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters Authors: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a0x.cif.gz | 755.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a0x.ent.gz | 519.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a0x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7a0wSC 7a0yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43508.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: nhaA, STM0039 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): NM554 / References: UniProt: Q8ZRZ3 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
#2: Antibody | Mass: 26305.029 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): JM83 #3: Antibody | Mass: 22393.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): JM83 |
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-Non-polymers , 8 types, 192 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CDL / | ||||||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / #8: Chemical | ChemComp-3PE / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-CA / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 66.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 33 % PEG400, soaked at pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→24.9 Å / Num. obs: 69454 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 62.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.68 Å / Redundancy: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3474 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 64.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7A0W Resolution: 2.37→24.9 Å / SU ML: 0.3039 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.0628 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→24.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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