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万見
- PDB-6zwk: Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zwk
タイトルCrystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody)
要素
  • Histone H2AX
  • gammaXbody
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / NANOBODY (ナノボディ) / PHOSPHOPEPTIDE-RECOGNITION PROTEIN / GAMMA-H2AX
機能・相同性
機能・相同性情報


XY body / response to ionizing radiation / site of DNA damage / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine ...XY body / response to ionizing radiation / site of DNA damage / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / meiotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / PRC2 methylates histones and DNA / DNA複製 / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / double-strand break repair via homologous recombination / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / 細胞老化 / double-strand break repair / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 精子形成 / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / damaged DNA binding / nuclear speck / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / 中心体 / DNA damage response / enzyme binding / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Moeglin, E. / Desplancq, D. / Weiss, E. / Poterszman, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyFRISBI ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2021
タイトル: A Novel Nanobody Precisely Visualizes Phosphorylated Histone H2AX in Living Cancer Cells under Drug-Induced Replication Stress.
著者: Moeglin, E. / Desplancq, D. / Stoessel, A. / Massute, C. / Ranniger, J. / McEwen, A.G. / Zeder-Lutz, G. / Oulad-Abdelghani, M. / Chiper, M. / Lafaye, P. / Di Ventura, B. / Didier, P. / Poterszman, A. / Weiss, E.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gammaXbody
B: gammaXbody
C: gammaXbody
D: gammaXbody
E: gammaXbody
F: gammaXbody
G: Histone H2AX
H: Histone H2AX
I: Histone H2AX
J: Histone H2AX
K: Histone H2AX
L: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,91520
ポリマ－106,71912
非ポリマー1968
水17,655980
1
A: gammaXbody
G: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8093
ポリマ－17,7862
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
2
B: gammaXbody
H: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8093
ポリマ－17,7862
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6880 Å2
手法PISA
3
C: gammaXbody
I: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8093
ポリマ－17,7862
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
4
D: gammaXbody
J: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8454
ポリマ－17,7862
非ポリマー582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
5
E: gammaXbody
K: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8093
ポリマ－17,7862
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7100 Å2
手法PISA
6
F: gammaXbody
L: Histone H2AX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8324
ポリマ－17,7862
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.412, 87.412, 105.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: 抗体
gammaXbody


分子量: 16577.234 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H2AX / H2a/x / Histone H2A.X


分子量: 1209.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Phosphorylated C-terminal tail of Histone H2AX / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16104
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→61.49 Å / Num. obs: 130679 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 1376764 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.5810.62.2686780264250.6350.7322.384199.9
8.49-61.499.80.04277847950.9990.0140.04537.199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.63 Å61.49 Å
Translation5.63 Å61.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIXdev_3915精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LZ0

5lz0


解像度: 1.55→61.49 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 6401 4.91 %
Rwork0.1491 124009 -
obs0.1508 130410 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.74 Å2 / Biso mean: 33.5655 Å2 / Biso min: 16.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→61.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 8 992 7202
Biso mean--36.99 41.96 -
残基数----806
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.570.3412430.330240324275100
1.57-1.590.33622400.306941354375100
1.59-1.610.29831680.291842124380100
1.61-1.630.31792110.282941354346100
1.63-1.650.30141990.26242134412100
1.65-1.670.31962500.238140164266100
1.67-1.690.29372020.231741894391100
1.69-1.720.24961960.21141404336100
1.72-1.750.21041720.241714343100
1.75-1.770.22162790.179540634342100
1.77-1.80.22312070.178341414348100
1.8-1.840.20412520.170440494301100
1.84-1.870.19142100.163741894399100
1.87-1.910.20212040.148141554359100
1.91-1.950.19342120.134341394351100
1.95-20.19331890.138540884277100
2-2.050.17671840.12842014385100
2.05-2.10.17341940.131541884382100
2.1-2.170.1712290.131540694298100
2.17-2.240.16712530.123140934346100
2.24-2.320.17742160.138741594375100
2.32-2.410.18182120.132741534365100
2.41-2.520.20282240.137641134337100
2.52-2.650.19822200.142141554375100
2.65-2.820.16892170.134541154332100
2.82-3.030.1841520.149942044356100
3.03-3.340.17042140.140141404354100
3.34-3.820.14482500.128340834333100
3.82-4.810.15171990.121341664365100
4.82-61.490.18482030.16044103430699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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