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万見
- PDB-6zoc: Erythromycin binding to the access pocket of AcrB-G616P L protome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zoc
タイトルErythromycin binding to the access pocket of AcrB-G616P L protomer and 3-formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G616P T protomer
要素
  • DARPIN
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Multidrug efflux pump / Membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YI / テトラデカン / ドデカン / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / エリスロマイシン / ヘキサン / オクタン / ホスファチジルエタノールアミン / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG-EXC115 ドイツ
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-1202-248.9/2012 ドイツ
European Communitys Seventh Framework ProgrammeFP7/2007-2013European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Allosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB.
著者: Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPIN
E: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,64242
ポリマ－380,9645
非ポリマー7,67837
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39490 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area119190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.327, 161.26, 244.023
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114776.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN /


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 BLUE

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糖 , 1種, 5分子

#4: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 13種, 221分子

#3: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#5: 化合物 ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / エリスロマイシン


分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H67NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#9: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#10: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#11: 化合物 ChemComp-3YI / (2S,12Z,14E,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-8-formyl-5,6,9,17,19-pentahydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptam ethyl-1,11-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate / 3-formyl rifamycin SV


分子量: 725.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H47NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#13: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#14: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFAMPICIN, 0.001M ERYTHROMYCIN, 0.001M FUSIDIC ACID, 0.001M LINEZOLID, 0.001M OXACILLIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→49.43 Å / Num. obs: 129623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 48.59 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.604 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.64 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.89-2.9496.3740.563320.4062.2256.757100
15.81-49.437.90.0648900.9990.0250.06997.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JMN

5jmn


解像度: 2.89→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.843 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.414
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 4399 -RANDOM
Rwork0.2184 ---
obs0.2193 88443 67.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2434 Å20 Å20 Å2
2--4.9007 Å20 Å2
3----0.6573 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25903 0 523 189 26615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00527174HARMONIC1.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.5437069HARMONIC3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9409SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26897HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3632SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20691SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.86
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 77 -
Rwork0.2662 --
obs0.2672 1769 7.3 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28840.0946-0.13520.2967-0.11790.31650.12240.0222-0.08030.0222-0.0311-0.0827-0.0803-0.0827-0.0913-0.06460.03080.06090.0506-0.0342-0.015429.5656-15.2608-15.9119
20.2794-0.0018-0.02220.265-0.150.14480.0588-0.07180.0949-0.0718-0.0228-0.06740.0949-0.0674-0.0361-0.06860.0308-0.07670.1701-0.0293-0.062128.9136-41.0574-51.9984
30.38840.0348-0.12040.1419-0.24420.5050.0509-0.0491-0.0033-0.0491-0.02260.0765-0.00330.0765-0.0283-0.0824-0.0114-0.00030.05180.0216-0.031267.3545-26.2197-34.4951
43.2475-0.06622.46710.7023-0.9477.7056-0.09090.14330.02010.1433-0.1685-0.33010.0201-0.33010.2594-0.1372-0.16310.0276-0.0382-0.1142-0.0171.0707-73.9904-23.9922
53.7055-2.2791-0.47695.9796-0.06912.01040.05240.8837-0.26310.8837-0.05310.2176-0.26310.21760.0008-0.2142-0.1479-0.11970.3698-0.0527-0.374347.2762-39.449728.1946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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