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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zoh | ||||||||||||
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タイトル | 3-Formylrifamycin SV binding to the access pocket of AcrB-G619P_G621P L and T protomers | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Multidrug efflux pump / Membrane protein (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Allosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB. 著者: Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zoh.cif.gz | 672.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zoh.ent.gz | 538.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zoh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zoh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zoh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6zo5C 6zo6C 6zo7C 6zo8C 6zo9C 6zoaC 6zobC 6zocC 6zodC 6zoeC 6zofC 6zogC 5jmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 114816.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224 #2: タンパク質 | 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 BLUE |
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-糖 , 1種, 7分子
#3: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 11種, 266分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-D12 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-DDR / ( | #10: 化合物 | ChemComp-PTY / | #11: 化合物 | ChemComp-D10 / | #12: 化合物 | ChemComp-LPX / ( | #13: 化合物 | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.003M RIFAMPICIN QUINONE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月3日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→49.19 Å / Num. obs: 139909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 877116 / Scaling rejects: 1603 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JMN 解像度: 2.8→49.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 15.879 / SU ML: 0.283 / SU R Cruickshank DPI: 0.6466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.25 Å2 / Biso mean: 59.655 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→49.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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