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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zoa | ||||||||||||
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タイトル | Partially induced AcrB T protomer and DDM binding to the TM8/PC2 pathway of AcrB L2 protomer | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Multidrug efflux pump / Membrane protein (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Allosteric drug transport mechanism of multidrug transporter AcrB. 著者: Tam, H.K. / Foong, W.E. / Oswald, C. / Herrmann, A. / Zeng, H. / Pos, K.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zoa.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zoa.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zoa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zoa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6zo5C 6zo6C 6zo7C 6zo8C 6zo9C 6zobC 6zocC 6zodC 6zoeC 6zofC 6zogC 6zohC 5jmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 15 - 166 / Label seq-ID: 15 - 166
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 114736.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224 #2: タンパク質 | 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 BLUE |
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-糖 , 1種, 6分子
#3: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 12種, 302分子
#4: 化合物 | ChemComp-C14 / #5: 化合物 | ChemComp-DDQ / #6: 化合物 | ChemComp-HEX / #7: 化合物 | ChemComp-D10 / | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | ChemComp-LNK / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-EDO / | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-D12 / | #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.05M ADA, PH 6.6, 0.15-0.25M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.001M DICLOXACILLIN, 0.001M OXACILLIN, 0.001M PIPERACILLIN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.05→49.68 Å / Num. obs: 111779 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.289 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.319 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 613744 / Scaling rejects: 693 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JMN 解像度: 3.05→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 51.724 / SU ML: 0.419 / SU R Cruickshank DPI: 0.3834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.49 Å2 / Biso mean: 58.86 Å2 / Biso min: 5.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.05→49.68 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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