PDB-4u8v: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u8v

タイトル

Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB

要素

DARPin
Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

DARPin /

multidrug efflux protein

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane /

efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space /

生体膜 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Pos, K.M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB.
著者: Eicher, T. / Seeger, M.A. / Anselmi, C. / Zhou, W. / Brandstatter, L. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Faraldo-Gomez, J.D. / Pos, K.M.

履歴

登録	2014年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u8v.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u8v.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/4u8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/4u8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u8yC 4u95C 4u96C 4dx5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u96-d 2j8s-d 4u95-d 5nc5-d 5jmn-d 6q4o-d 4dx5-d 3noc-d 4u8y-d 4dx7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: DARPin

E: DARPin

ヘテロ分子

384 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.590, 161.590, 245.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 114735.305 Da / 分子数: 3 / 変異: D407N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質	DARPin / 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE / ミノサイクリン / ミノサイクリン分子量: 457.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₃O₇ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 8% PEG4000, 10% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.79988 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.79988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→48.93 Å / Num. obs: 256709 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 11.12
反射シェル	解像度: 2.298→2.38 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 2.398 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 99.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DX5

4dx5

解像度: 2.298→48.932 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	12832	5 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1929	256666	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→48.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25968	0	208	1343	27519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	26677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	36231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.17	9709
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	4277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2984-2.3245	0.3901	422	0.3706	8018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3245-2.3518	0.3789	423	0.3458	8044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3518-2.3805	0.364	424	0.326	8050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3805-2.4106	0.353	425	0.295	8087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4106-2.4424	0.3426	423	0.2855	8030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4424-2.4758	0.3138	425	0.2771	8088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4758-2.5112	0.3356	424	0.2655	8055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5112-2.5487	0.2946	425	0.2533	8073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5487-2.5885	0.3123	427	0.251	8105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5885-2.6309	0.2983	423	0.2319	8039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6309-2.6763	0.2716	426	0.227	8087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6763-2.7249	0.2817	426	0.224	8093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7249-2.7773	0.2767	425	0.2106	8079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7773-2.834	0.2512	427	0.2086	8094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.834-2.8956	0.2549	425	0.2014	8104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8956-2.963	0.2813	425	0.206	8070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.0371	0.2685	427	0.1914	8117	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0371-3.1192	0.2321	425	0.1794	8074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1192-3.211	0.2178	428	0.1696	8140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.3146	0.2342	428	0.1786	8136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3146-3.433	0.2151	426	0.176	8093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.433-3.5704	0.2267	430	0.1696	8171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5704-3.7329	0.2245	429	0.1623	8146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7329-3.9296	0.2293	429	0.1607	8158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9296-4.1757	0.2117	430	0.1621	8162	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1757-4.4979	0.1929	431	0.1532	8205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4979-4.9501	0.1901	431	0.1474	8189	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9501-5.6655	0.1957	436	0.1593	8273	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6655-7.1344	0.2249	437	0.1728	8312	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1344-48.9433	0.1945	450	0.1761	8542	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5902	0.0872	-0.1166	0.4261	-0.1164	0.6432	0.1193	-0.0462	0.3052	0.0342	-0.0191	0.0917	-0.3191	-0.0424	-0.0517	0.3611	0.0174	0.0787	0.291	-0.0609	0.3698	29.6461	-15.3196	-16.8401
2	0.4325	-0.0816	0.0742	0.3728	-0.2087	0.3824	0.0576	0.2236	-0.0162	-0.1544	-0.0393	0.0666	0.0942	-0.0757	-0.022	0.3304	0.0193	-0.0613	0.349	-0.0411	0.3063	28.9414	-42.6339	-52.057
3	0.5753	0.1268	-0.0933	0.2843	-0.1661	0.5971	0.0646	0.0527	0.0377	-0.0155	-0.057	-0.009	-0.0509	0.1516	-0.0002	0.2292	0.0013	0.0018	0.3164	-0.003	0.2664	67.5286	-27.3403	-34.1371
4	1.1718	0.0022	0.5779	1.0089	-0.0271	1.868	-0.0852	0.0706	-0.0815	0.0277	-0.0598	0.1912	-0.0432	-0.2436	0.1436	0.4144	-0.1618	-0.0593	0.4259	-0.0706	0.552	0.8415	-74.9443	-23.931
5	1.2701	-0.2926	0.0583	1.8333	0.0841	1.4636	0.0037	-0.7032	0.2763	0.6184	0.0292	-0.3479	-0.1744	0.0564	-0.0181	0.5535	-0.1578	-0.054	1.0705	-0.125	0.4045	46.5467	-39.0243	27.9232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq -10:9999)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq -10:9999)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq -10:9999)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq -10:9999)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq -10:9999)

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