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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z9b | ||||||
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タイトル | Human Ecto-5'-nucleotidase (CD73) in complex with AOPCP derivative A830 (compound 16 in publication) in the closed form (crystal form III) | ||||||
要素 | 5'-nucleotidase5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / zinc enzyme / nucleotide analog / inhibitor (酵素阻害剤) / Arcus Biosciences | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / ニコチン酸 / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / DNA metabolic process / leukocyte cell-cell adhesion / response to ATP / response to inorganic substance / calcium ion homeostasis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / 細胞膜 / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
Model details | The compound is a competitive non-nucleotide inhibitor binding to the active site | ||||||
データ登録者 | Strater, N. / Scaletti, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Discovery of AB680: A Potent and Selective Inhibitor of CD73. 著者: Lawson, K.V. / Kalisiak, J. / Lindsey, E.A. / Newcomb, E.T. / Leleti, M.R. / Debien, L. / Rosen, B.R. / Miles, D.H. / Sharif, E.U. / Jeffrey, J.L. / Tan, J.B.L. / Chen, A. / Zhao, S. / Xu, G. ...著者: Lawson, K.V. / Kalisiak, J. / Lindsey, E.A. / Newcomb, E.T. / Leleti, M.R. / Debien, L. / Rosen, B.R. / Miles, D.H. / Sharif, E.U. / Jeffrey, J.L. / Tan, J.B.L. / Chen, A. / Zhao, S. / Xu, G. / Fu, L. / Jin, L. / Park, T.W. / Berry, W. / Moschutz, S. / Scaletti, E. / Strater, N. / Walker, N.P. / Young, S.W. / Walters, M.J. / Schindler, U. / Powers, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z9b.cif.gz | 230 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z9b.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59260.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CD73 Construct 4.0 for E. coli expression and refolding 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-QCQ / [[( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: CD73 at 7 mg/mL was incubated on ice for one hour with 1mM of the inhibitor and 0.1 mM ZnCl2. 1 uL of protein was mixed with 1 uL of 11-14% PEG6000 and 100 mM sodium citrate pH 5.4-5.6. For ...詳細: CD73 at 7 mg/mL was incubated on ice for one hour with 1mM of the inhibitor and 0.1 mM ZnCl2. 1 uL of protein was mixed with 1 uL of 11-14% PEG6000 and 100 mM sodium citrate pH 5.4-5.6. For cryoprotection glycerol was added to a final concentration of 15 % to the reservoir buffer. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.17→48.23 Å / Num. obs: 32496 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.425 % / Biso Wilson estimate: 32.78 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 0.803 / Net I/σ(I): 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdbid 4H2I 解像度: 2.17→48.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
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原子変位パラメータ | Biso max: 131.03 Å2 / Biso mean: 42.75 Å2 / Biso min: 18.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→48.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.17→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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