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- PDB-5l2k: Crystal structure of GEM42 TCR-CD1b-GMM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2k
タイトルCrystal structure of GEM42 TCR-CD1b-GMM complex
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • GEM42 TCR alpha chain
  • GEM42 TCR beta chain
  • T-cell surface glycoprotein CD1b
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CD1b / lipid (脂質) / TB / MTb / GMM / tuberculosis (結核) / GEM T cell / TCR / T cell (T細胞) / GEM42
機能・相同性
機能・相同性情報


endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / 獲得免疫系 / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRACOSYL PALMITATE / Chem-70E / : / T-cell surface glycoprotein CD1b / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gras, S. / Shahine, A. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: T cell receptor recognition of CD1b presenting a mycobacterial glycolipid.
著者: Gras, S. / Van Rhijn, I. / Shahine, A. / Cheng, T.Y. / Bhati, M. / Tan, L.L. / Halim, H. / Tuttle, K.D. / Gapin, L. / Le Nours, J. / Moody, D.B. / Rossjohn, J.
履歴
登録2016年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Other
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
D: GEM42 TCR alpha chain
E: GEM42 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,83721
ポリマ－95,0644
非ポリマー2,77317
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13220 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area37230 Å2
2
A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
E: GEM42 TCR beta chain
ヘテロ分子

A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
E: GEM42 TCR beta chain
ヘテロ分子

A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
E: GEM42 TCR beta chain
ヘテロ分子

A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
E: GEM42 TCR beta chain
ヘテロ分子

D: GEM42 TCR alpha chain
ヘテロ分子

D: GEM42 TCR alpha chain
ヘテロ分子

D: GEM42 TCR alpha chain
ヘテロ分子

D: GEM42 TCR alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,34884
ポリマ－380,25716
非ポリマー11,09168
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
crystal symmetry operation3_544-x+y,-x-1,z-1/31
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/31
crystal symmetry operation8_545x-y,-y-1,-z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area43120 Å2
ΔGint-733 kcal/mol
Surface area158670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.998, 174.998, 170.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1b


分子量: 33488.609 Da / 分子数: 1 / 変異: I160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1B / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29016
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11616.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 GEM42 TCR alpha chain


分子量: 22646.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 GEM42 TCR beta chain


分子量: 27312.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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糖 , 1種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 20分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-6UL / TETRACOSYL PALMITATE / ヘキサデカン酸テトラコシル


分子量: 593.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80O2
#10: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#11: 化合物 ChemComp-70E / 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose / C36 GLUCOSE MONOMYCOLATE / C36 GMM


分子量: 715.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82O8
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細Ligand 70E, C36 GLUCOSE MONOMYCOLATE, was built with R chirality at C5, as it best fits the density ...Ligand 70E, C36 GLUCOSE MONOMYCOLATE, was built with R chirality at C5, as it best fits the density in this configuration

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5-2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 10mM MgCl2, 10mM CeCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.73 Å / Biso Wilson estimate: 78.5 Å2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 61.1 % / Rmerge(I) obs: 7.76 / Num. measured all: 227748 / Num. unique all: 3727 / CC1/2: 0.638 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I) obs: 1.8 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L2J, 4G8F

5l2j

4g8f


解像度: 3.2→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9075 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 8.754 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.376 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.381
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 1259 4.84 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.219 26029 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7014 Å20 Å20 Å2
2---2.7014 Å20 Å2
3---5.4028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.704 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 0 150 6 6497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0076657HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.929025HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3002SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes957HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6656HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion834SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6924SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.33 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 134 4.66 %
Rwork0.2535 2739 -
all0.2553 2873 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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