登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z7r |
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タイトル | Structure of [NiFeSe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris hildenborough pressurized with Krypton gas - structure wtKr1 |
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要素 | (Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Hydrogenase (ヒドロゲナーゼ) / Selenium (セレン) / gas channels / high-pressure derivatization |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / フェレドキシンヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ... シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / フェレドキシンヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / 生体膜 / metal ion binding類似検索 - 分子機能[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase ...[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence類似検索 - ドメイン・相同性 oxygen-damaged SF4 / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / 硫化水素 / クリプトン / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing / シトクロムc3ヒドロゲナーゼ類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_bacteria.gif) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å |
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データ登録者 | Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. |
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資金援助 | ポルトガル, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia | PTDC/BBB-BEP/2885/2014 | ポルトガル | Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia | LISBOA-01-0145-FEDER-007660 | ポルトガル |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020 タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen. 著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. |
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履歴 | 登録 | 2020年6月1日 | 登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE |
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改定 1.0 | 2020年9月9日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2020年9月16日 | Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID |
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改定 1.2 | 2020年9月30日 | Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last |
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改定 1.3 | 2024年1月24日 | Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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