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- PDB-6ru9: THE 3D STRUCTURE OF [NIFESE] HYDROGENASE G491A VARIANT FROM DESUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ru9
タイトルTHE 3D STRUCTURE OF [NIFESE] HYDROGENASE G491A VARIANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS HILDENBOROUGH AT 1.36 ANGSTROM RESOLUTION
要素(Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NIFESE-SITE / H2 CLEAVAGE/PRODUCTION / O2 TOLERANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / フェレドキシンヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / イレギュラー / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
oxygen-damaged SF4 / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / 硫化水素 / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing / シトクロムc3ヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.355 Å
データ登録者Matias, P.M. / Zacarias, S. / Pereita, I.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/2885/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BD/100314/2014 ポルトガル
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: A Hydrophilic Channel Is Involved in Oxidative Inactivation of a [NiFeSe] Hydrogenase
著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / del Barrio, M. / Fourmond, V. / Leger, C. / Matias, P.M. / Pereira, I.A.C.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,51812
ポリマ－84,6692
非ポリマー1,84910
水15,043835
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.445, 98.664, 63.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit


分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small subunit
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
遺伝子: hysB, DVU_1917 / Variant: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS4, フェレドキシンヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing


分子量: 54407.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
遺伝子: hysA, DVU_1918 / Variant: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS3, フェレドキシンヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 8種, 845分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-6ML / oxygen-damaged SF4


分子量: 383.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O2S4
#5: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.355→61.6 Å / Num. obs: 112189 / % possible obs: 71.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.355→1.51 Å / Num. unique obs: 5610 / CC1/2: 0.613

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å38.66 Å
Translation2.8 Å38.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSH

5jsh


解像度: 1.355→49.332 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 19.02
詳細: REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.355 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 49.332 REMARK 3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) : 0.78 REMARK 3 ...詳細: REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.355 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 49.332 REMARK 3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) : 0.78 REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 67.51 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 208549 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS (NON-ANOMALOUS) : 112183
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1628 10214 4.9 %
Rwork0.1441 --
obs0.145 112183 67.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.42 Å2 / Biso mean: 21.6249 Å2 / Biso min: 9.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.355→49.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5824 0 73 835 6732
Biso mean--17 32.58 -
残基数----759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3555-1.37090.321790.27242202292
1.3709-1.3870.2968310.28742452763
1.387-1.40390.3378210.25723453664
1.4039-1.42170.3077240.27484634875
1.4217-1.44040.2998530.29957558088
1.4404-1.46020.3576770.28791287136413
1.4602-1.4810.31031340.29462102223622
1.481-1.50310.27931600.27293072323231
1.5031-1.52660.28142410.27134311455244
1.5266-1.55170.29052820.26136013629561
1.5517-1.57840.30373780.25627321769976
1.5784-1.60710.27244620.25028310877284
1.6071-1.6380.2764460.24258770921689
1.638-1.67150.25894490.2248592904188
1.6715-1.70780.24064150.21998991940692
1.7078-1.74750.21644850.20229336982195
1.7475-1.79120.20964850.18269239972495
1.7912-1.83970.18374700.17159398986895
1.8397-1.89380.18385220.15829174969695
1.8938-1.95490.16184530.14319205965894
1.9549-2.02480.1554640.13538963942791
2.0248-2.10590.15124380.12659370980895
2.1059-2.20170.14574250.11899345977095
2.2017-2.31780.13025230.11649224974795
2.3178-2.4630.13723820.11649291967394
2.463-2.65320.1425000.12088897939791
2.6532-2.92020.14324910.1249211970294
2.9202-3.34260.1354170.12489156957393
3.3426-4.2110.12674540.11398861931590
4.211-49.36470.14515230.13198868939191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5920.14030.05590.5754-0.07650.4883-0.02330.0382-0.0705-0.04570.0038-0.04220.0920.01370.01850.1233-0.00160.01120.1212-0.00690.1337125.4787-37.475379.0395
20.34-0.0747-0.32390.9775-0.39520.92520.00120.1616-0.0223-0.2334-0.01010.00260.1075-0.0260.0090.1755-0.020.00160.1857-0.00180.134117.7755-31.726865.1678
32.9561-1.7463-2.07322.44970.10482.36740.10040.1379-0.2248-0.2258-0.11910.20.1253-0.1038-0.00380.1861-0.0251-0.01510.1794-0.01570.146117.8091-38.711565.6599
41.0332-0.913-1.03421.32971.21382.4491-0.0030.2733-0.0673-0.2935-0.0023-0.34220.11420.3980.01920.23790.01730.08650.3031-0.01850.2302141.363-31.009769.9585
50.5448-0.1140.15150.56780.19641.0329-0.0138-0.02120.00040.14320.0214-0.16790.07060.11830.00040.1338-0.0059-0.03160.14880.01070.1818138.877-30.22498.1541
60.713-0.12780.17830.7430.25040.5483-0.0045-0.03920.01420.02690.0004-0.0679-0.0020.0537-0.00180.114-0.0093-0.00830.11810.00420.1201133.0494-28.587193.8523
71.9846-0.32370.48151.4936-0.35981.6841-0.00070.1552-0.1599-0.2290.00440.16610.057-0.2189-0.01310.1559-0.0114-0.02180.1896-0.00570.1334101.4053-23.582366.9592
80.5031-0.06940.12650.40990.01670.4718-0.02380.03010.0501-0.0373-0.01430.011-0.0566-0.02660.03280.1223-0.0069-0.00190.12020.00110.1241113.1108-18.621481.9001
90.3346-0.06860.12340.4153-0.20780.7309-0.0611-0.03320.14880.0747-0.0144-0.0681-0.14330.04030.07030.1544-0.0218-0.02980.1405-0.0020.181126.6741-9.863993.2123
100.88450.17140.1150.8159-0.18930.6952-0.0165-0.06590.11910.061-0.03670.0292-0.1617-0.05470.05370.18280.0041-0.02160.1378-0.00690.153106.0129-6.125783.3815
110.5014-0.0788-0.10861.09890.2030.7981-0.0207-0.0339-0.05930.1207-0.03120.18270.0487-0.13030.05850.1114-0.02150.01450.1781-0.0120.166896.6421-26.641387.7864
120.3406-0.3058-0.00250.4756-0.28270.4753-0.07920.00410.14790.09020.00340.0271-0.1799-0.03040.07490.20420.0015-0.0310.1349-0.0010.1884106.6338-0.710484.1125
130.6213-0.10140.20560.4634-0.24880.5776-0.0325-0.14470.00510.10350.03160.0149-0.0068-0.0972-0.00760.1503-0.00030.00540.16440.00410.1236113.4534-22.2071102.1504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 5 through 46 ) or (resid 112 through 162 ) or (resid 286 through 287))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 96 )A47 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 111 )A97 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 192 )A163 - 192
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 242 )A193 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resid 243 through 283 ) or (resid 284 through 285))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 15 through 49 )B15 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resid 50 through 180 ) or (resid 433 through 495 ) or (resid 500 through 504))B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 181 through 219 )B181 - 219
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 220 through 262 )B220 - 262
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 263 through 329 )B263 - 329
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 330 through 395 )B330 - 395
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 396 through 432 )B396 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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