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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z5w | ||||||
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タイトル | The RSL - sulfonato-calix[8]arene complex, P213 form, MES pH 6.8 | ||||||
要素 | Fucose-binding lectin protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / calixarene (カリックスアレーン) / protein framework / cage / crystal engineering / molecular glue / synthetic receptor / macrocycle (大員環化合物) / biomaterial (生体材料) | ||||||
機能・相同性 | Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / beta-D-fructopyranose / sulfonato-calix[8]arene / Fucose-binding lectin protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ralstonia solanacearum (青枯病菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.187 Å | ||||||
データ登録者 | Engilberge, S. / Ramberg, K. / Crowley, P.B. | ||||||
資金援助 | アイルランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021 タイトル: Facile Fabrication of Protein-Macrocycle Frameworks. 著者: Ramberg, K.O. / Engilberge, S. / Skorek, T. / Crowley, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z5w.cif.gz | 41 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z5w.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z5w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9733.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (青枯病菌) 遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EVB / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M MES pH 6.8, 2.4 M Ammonium sulfate, 0.04 M sulfonato-calix[8]arene |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.187→45.132 Å / Num. obs: 28303 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.187→1.207 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 1.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1395 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.328 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BT9 解像度: 1.187→45.132 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.12 Å2 / Biso mean: 15.7184 Å2 / Biso min: 6.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.187→45.132 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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