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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yyu | ||||||
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タイトル | Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese and 2-oxoglutarate | ||||||
要素 | Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase / Dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペプチド-アスパラギン酸-β-ジオキシゲナーゼ / regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / regulation of protein depolymerization / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / sarcoplasmic reticulum lumen / limb morphogenesis / cortical endoplasmic reticulum ...ペプチド-アスパラギン酸-β-ジオキシゲナーゼ / regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / regulation of protein depolymerization / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / sarcoplasmic reticulum lumen / limb morphogenesis / cortical endoplasmic reticulum / pattern specification process / positive regulation of intracellular protein transport / activation of cysteine-type endopeptidase activity / face morphogenesis / structural constituent of muscle / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to ATP / roof of mouth development / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / ヒドロキシル化 / positive regulation of proteolysis / detection of calcium ion / calcium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / regulation of protein stability / Stimuli-sensing channels / cell population proliferation / transmembrane transporter binding / electron transfer activity / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Synthesis of 2-oxoglutarate derivatives and their evaluation as cosubstrates and inhibitors of human aspartate/asparagine-beta-hydroxylase. 著者: Brewitz, L. / Nakashima, Y. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yyu.cif.gz | 288.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yyu.ent.gz | 207.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/6yyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/6yyu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49405.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASPH, BAH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q12797, ペプチド-アスパラギン酸-β-ジオキシゲナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES sodium, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v PEG 4000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→85.44 Å / Num. obs: 20459 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 44.45 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.746 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1024 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 56.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JZA 解像度: 2.11→85.44 Å / SU ML: 0.2308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2401
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→85.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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