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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yxd | ||||||||||||
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タイトル | Room temperature structure of human adiponectin receptor 2 (ADIPOR2) at 2.9 A resolution determined by Serial Crystallography (SSX) using CrystalDirect | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Adiponectin receptor / ADIPOR / serial synchrotron crystallography / SSX / CrystalDirect / LCP crystallization / in meso / Membrane proteins (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / Β酸化 / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / Β酸化 / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2021 タイトル: An automated platform for structural analysis of membrane proteins through serial crystallography. 著者: Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Cong, X. / Golebiowski, J. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yxd.cif.gz | 225.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yxd.ent.gz | 179.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33097.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR2, PAQR2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q86V24 |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 13160.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 11647.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-非ポリマー , 5種, 63分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-OLB / ( #6: 化合物 | ChemComp-OLA / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: CrystalDirect-2 plates (MiTeGen) in 30 or 50 nL bolus overlaid with 600 nl precipitant solution. 42.3% PEG 400, 110 mM potassium citrate, 100 mM HEPES pH 7.0 for ADIPOR2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.988 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 15292 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 130.57 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 1971 / CC1/2: 0.737 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: CrystalDirect-2 plate / 手法: fixed target |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 28949 / Frames indexed: 25297 / Frames total: 382552 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LWY 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.419
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.56 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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