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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yr7 | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma in complex with hDMX-342+367 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / bivalent binding mode / 1433 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / transcription repressor complex / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Stabilization of p53 / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / negative regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to hypoxia / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å | ||||||
データ登録者 | Wolter, M. / Srdanovic, S. / Warriner, S. / Wilson, A. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2022 タイトル: Understanding the interaction of 14-3-3 proteins with hDMX and hDM2: a structural and biophysical study. 著者: Srdanovic, S. / Wolter, M. / Trinh, C.H. / Ottmann, C. / Warriner, S.L. / Wilson, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yr7.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yr7.ent.gz | 148.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4529.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15151 #3: 化合物 | ChemComp-B3P / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG3350, Bis-Tris propane pH8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→65.11 Å / Num. obs: 42044 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LW1 解像度: 2.105→56.264 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.64
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.18 Å2 / Biso mean: 54.6914 Å2 / Biso min: 23.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.105→56.264 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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