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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yfz | ||||||
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Title | Crystal structure of MKK7 (MAP2K7), apo form | ||||||
![]() | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Catalytic Domain Plasticity of MKK7 Reveals Structural Mechanisms of Allosteric Activation and Diverse Targeting Opportunities. Authors: Schroder, M. / Tan, L. / Wang, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Knapp, S. / Chaikuad, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 107.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6yg0C ![]() 6yg1C ![]() 6yg2C ![]() 6yg3C ![]() 6yg4C ![]() 6yg5C ![]() 6yg6C ![]() 6yg7C ![]() 6yz4C ![]() 2dylS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34944.621 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O14733, ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.85 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 19% PEG3350, 0.15 M ammonium acetate, 0.1 M tris, pH 7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→30.41 Å / Num. obs: 28220 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 9.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2dyl Resolution: 1.9→30.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.5 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.1492 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.144 Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.01 Å2 / Biso mean: 38.59 Å2 / Biso min: 22.68 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→30.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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