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万見
- PDB-6xrb: Crystal structure of SciW from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrb
タイトルCrystal structure of SciW from Salmonella typhimurium
要素(SciW) x 2
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / SciW / Type VI secretion / T6SS
機能・相同性Inner membrane lipoprotein DcrB/EagT6 / DcrB / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / TRIETHYLENE GLYCOL / DUF1795 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Sachar, K. / Ahmad, S. / Whitney, J.C. / Prehna, G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for effector transmembrane domain recognition by type VI secretion system chaperones.
著者: Ahmad, S. / Tsang, K.K. / Sachar, K. / Quentin, D. / Tashin, T.M. / Bullen, N.P. / Raunser, S. / McArthur, A.G. / Prehna, G. / Whitney, J.C.
履歴
登録2020年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SciW
B: SciW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2733
ポリマ－34,1232
非ポリマー1501
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.269, 75.093, 76.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 SciW


分子量: 17023.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: sciW, SL1344_0285
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3NHS6
#2: タンパク質 SciW


分子量: 17099.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: sciW, SL1344_0285
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3NHS6
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22 mg/mL SciW with a 1:1 mixture of 0.1 M Tris HCL pH 8.5, 25% (v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→26.81 Å / Num. obs: 32309 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.95 % / Biso Wilson estimate: 31.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14.23
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Num. unique obs: 5091 / CC1/2: 0.891 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→26.81 Å / SU ML: 0.2274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 1613 4.99 %
Rwork0.1989 30681 -
obs0.2002 32294 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→26.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 10 256 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66763245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1814904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.810.37531260.33642465X-RAY DIFFRACTION97.74
1.81-1.870.31881330.30512526X-RAY DIFFRACTION99.74
1.87-1.930.29751320.2812513X-RAY DIFFRACTION99.62
1.93-2.010.28691340.24072550X-RAY DIFFRACTION99.85
2.01-2.10.23951330.23372522X-RAY DIFFRACTION99.96
2.1-2.210.21551340.20572554X-RAY DIFFRACTION99.89
2.21-2.350.28941330.2052519X-RAY DIFFRACTION99.47
2.35-2.530.25151360.21332555X-RAY DIFFRACTION99.37
2.53-2.790.26181340.21482557X-RAY DIFFRACTION99.41
2.79-3.190.22681360.20472574X-RAY DIFFRACTION99.49
3.19-4.020.21131370.17582611X-RAY DIFFRACTION99.93
4.02-26.810.17851450.17252735X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.96677120799-3.469705530752.851258367739.28320551159-3.675320299552.742691469740.8460919677431.91711916095-0.780876089535-1.25790620942-0.9742467014360.6386255067090.60368409006-1.070431266520.3037983917190.4350765456690.0480766685989-0.09576013858630.508633263923-0.1182270110180.567732569324-32.12651953463.2628977862315.6203613549
26.06557447504-6.472737415324.082937816098.00674674882-3.608102438816.93730526888-0.184892176869-0.100047336388-0.1450818860580.4417275106580.1658277044140.0441562710489-0.235426679959-0.3994356029650.02834878521480.276202370878-0.0337588008909-0.009203999645220.278789266343-0.05384090181310.314186095499-22.9431040747-5.5458226639518.5773463224
39.49998920839-6.036356016962.312598253754.60443937774-2.387724286096.15021635996-0.02784923437320.320562162880.07930137926640.0174583577653-0.04797578678090.04473819628170.09823261084620.158009641251-0.06547608541860.230411418208-0.038313970417-0.09171295413510.347486812363-0.06652640622190.295967530458-18.2795930337-12.953352319111.1829387109
43.241717366130.647761617038-0.5692450056515.292591293010.8762004405354.23099560578-0.1834652861620.318663216973-0.0251695775422-0.6757437372640.181677522703-0.338694752434-0.1217332752680.1419750867040.02689873474110.297866176907-0.0338883515011-0.04526657367950.213937525314-0.01693495037560.300843481976-21.5383734473-25.15507595543.49756082314
55.63085511397-0.254023854395-2.960891050292.915408829351.414219844927.50315715518-0.221959900089-0.185752698419-0.4346943324950.1973206385820.307163196113-0.3445703963210.450530961680.1923214420920.02291869018380.21001499819-0.0184003790406-0.02229474074120.2198291816770.001493561967930.313426440487-25.3681924175-30.929803284614.2150953993
66.268435337422.60483802292-1.383268670015.26769582938-1.062836333515.282726806810.254703327237-0.454801589483-0.314333567850.552861103655-0.0796028971987-0.01502663787490.2701481992150.207893381646-0.09064685175860.337469753381-0.010060341783-0.07345011783610.237924144533-0.07854266202550.306793724417-19.5956208493-16.564375966118.3813317943
74.040783405890.0762664797511-1.808630259294.337775181220.36688449211.31304206396-0.00128346816567-0.129978778321-0.182356370618-0.05959392631330.0798662168001-0.3994946078750.05763452746440.142042285831-0.1128602353620.307310454437-0.00129729828126-0.05792661721130.333824045478-0.04153623141710.306996468642-5.94615908165-4.8881341694215.6385773565
85.09770841081-1.15080352047-4.31806678943.366536001881.840956647016.308290549120.373821923954-0.2692487236780.141934286267-0.2819652426160.363536987901-0.742905894677-0.05375366901010.850446340682-0.3945613271990.385461097294-0.0172845010027-0.0816662037910.372354763546-0.09145652911480.4492643776932.170276166941.692113661612.3307066049
93.23290559761-1.23901002848-1.845236561532.148321821661.067630692724.561991482250.0825873917279-0.0752514088414-0.00606002533872-0.002767650191670.078374899019-0.18054148371-0.02072438705350.103604891317-0.143212776720.240417535776-0.021717452332-0.06346196357140.284103898264-0.03194703117370.315158830064-8.55363989590.5005465169817.1067852745
107.531823733891.5175923584-4.904675788438.21177000104-0.687772922158.531157971280.1614086180970.05032713845570.412039870171-0.31276493913-0.06652670757740.0230185976448-0.340300608615-0.237595805215-0.2585163640080.2640081232820.0505495714593-0.06778191080670.278652642125-0.03400069598260.26599170291-16.28846012895.3498015639816.4525822906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -4:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 5:15)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 16:30)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 31:124)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 125:145)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:28)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 29:61)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 62:76)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 77:124)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 125:146)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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