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万見
- PDB-2y6w: Structure of a Bcl-w dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6w
タイトルStructure of a Bcl-w dimer
要素BCL-2-LIKE PROTEIN 2
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to glycine / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to glycine / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / cellular response to amyloid-beta / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / disordered domain specific binding / 精子形成 / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Bcl-2-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, E.F. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of a Bcl-W Domain-Swapped Dimer: Implications for the Function of Bcl-2 Family Proteins.
著者: Lee, E.F. / Dewson, G. / Smith, B.J. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 2
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6928
ポリマ－39,0112
非ポリマー6816
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.227, 76.227, 112.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2043-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 2 / BCL-W / BCL2-L-2 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-W


分子量: 19505.693 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92843
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 29 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 128 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 29 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 128 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 29 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 128 TO GLU
配列の詳細C29S AND A128E MUTATIONS, TRUNCATION OF LAST 29 AMINO ACID RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 5% (W/V) PEG 3000, 40% (W/V) PEG 400, 0.1M MES PH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49 Å / Num. obs: 23159 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 36.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PQ0

1pq0


解像度: 2→48.637 Å / SU ML: 1.36 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1157 5 %
Rwork0.1989 --
obs0.2011 23135 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.004 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8368 Å20 Å20 Å2
2--1.8368 Å20 Å2
3----3.6736 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 45 154 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.309837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.09110.27691410.24152678X-RAY DIFFRACTION100
2.0911-2.20130.2611420.21712701X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.33930.26631420.21132704X-RAY DIFFRACTION100
2.3393-2.51990.26291420.20442707X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.77340.29151440.20442723X-RAY DIFFRACTION100
2.7734-3.17470.26531450.21052758X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.99950.23311460.18672778X-RAY DIFFRACTION100
3.9995-48.65160.21241550.18542929X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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