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- PDB-6xq2: Human antibody S8V2-37 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xq2
タイトルHuman antibody S8V2-37 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Texas/50/2012(H3N2)
要素
  • (antibody S8V2-37 ...) x 2
  • Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / antibody antigen complex / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / virus (ウイルス) / influenza (インフルエンザ) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: antibody S8V2-37 heavy chain
B: antibody S8V2-37 light chain
D: Hemagglutinin
F: antibody S8V2-37 heavy chain
E: antibody S8V2-37 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,74813
ポリマ－162,2666
非ポリマー2,4827
水0
1
A: Hemagglutinin
C: antibody S8V2-37 heavy chain
B: antibody S8V2-37 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9517
ポリマ－81,1333
非ポリマー1,8194
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
F: antibody S8V2-37 heavy chain
E: antibody S8V2-37 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7966
ポリマ－81,1333
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)294.800, 42.380, 155.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 32618.846 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Texas/50/2012(H3N2) / 遺伝子: HA, L998_47834gpHA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4L1D1

-
抗体 , 2種, 4分子 CFBE

#2: 抗体 antibody S8V2-37 heavy chain


分子量: 25072.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody S8V2-37 light chain


分子量: 23440.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 7分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M magnesium sulfate, 20% w/v PEG4000, sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.002→49.059 Å / Num. obs: 36359 / % possible obs: 98.32 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 81.45 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.08265 / Rrim(I) all: 0.1747 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 3.002→3.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9994 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 3560 / CC1/2: 0.791 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.5383 / Rrim(I) all: 1.14 / % possible all: 98.09

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5W08, 6FOE, 4M6O, & 6E4X

5w08

6foe

4m6o

6e4x


解像度: 3.002→49.059 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2902 1881 5.19 %
Rwork0.247 34381 -
obs0.2494 36262 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 307.73 Å2 / Biso mean: 125.4354 Å2 / Biso min: 31.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.002→49.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10728 0 162 0 10890
Biso mean--141.35 --
残基数----1386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0024-3.08360.34881440.3439257298
3.0836-3.17430.35251420.3289260298
3.1743-3.27670.36891440.3332262298
3.2767-3.39380.29081520.3095257699
3.3938-3.52960.31471360.2958267899
3.5296-3.69020.31391380.2945259399
3.6902-3.88470.36091440.3078266498
3.8847-4.1280.3051310.2696259097
4.128-4.44650.24291410.2201266399
4.4465-4.89360.28591300.1942268499
4.8936-5.60090.2681610.2044263798
5.6009-7.05320.27861460.2408273399
7.0532-49.0590.26571720.2118276797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4834-1.13642.29683.3854-1.20362.3795-0.0098-0.76670.36550.9224-0.04280.46560.3816-0.91870.29090.7022-0.12370.00071.4126-0.38680.595849.6548-2.61926.0912
23.2111-1.31442.08550.6855-0.28453.6365-0.0056-0.4931-0.15920.05930.409-0.00630.4964-0.1884-0.29360.6484-0.2084-0.00010.3976-0.04310.455169.3342-1.122716.4494
32.77090.7841.69271.20680.90363.03780.17370.1556-0.08780.0006-0.2253-0.13590.1650.09210.00050.58020.02290.11930.2461-0.02750.461180.27657.445919.3676
41.3414-0.9742-0.44232.06881.5741.2712-0.01840.33150.3502-0.0566-0.38380.483-0.7532-0.4063-0.63960.6757-0.12790.0829-0.6096-0.23750.493383.708722.573222.4937
52.32421.11480.00182.0224-0.32021.92490.442-0.68750.67890.36650.097-0.013-0.2572-0.10590.08180.4370.00970.0731-0.08960.02220.559779.7413.393225.2303
61.5491.0538-1.45033.00820.21942.0073-0.0320.79080.2008-0.89330.7029-0.0419-0.1008-0.25661.19530.6266-0.1281-0.1872-0.08470.03850.344675.03559.97798.3184
71.82271.31310.59983.87572.08852.92540.5681-0.9022-0.3210.4596-1.28531.07220.106-1.2141.01450.8141-0.05990.06911.0332-0.28770.83152.4045-0.6579.3472
83.1811-0.43442.25190.0766-0.23321.78670.71480.26140.8599-0.7472-0.64010.8821-0.1573-2.6523-0.25591.18530.4201-0.18972.1862-0.15041.16644.02537.58116.6558
93.7027-2.0537-1.5755.13771.22782.7348-0.189-1.0401-0.16920.34270.2563-0.1453-0.08520.2724-0.01330.8483-0.09840.07470.81030.02350.479164.56276.737759.397
104.847-0.3431-0.88931.72360.19092.26130.1444-0.39570.06670.8964-0.04480.0015-0.62040.3976-0.17940.671-0.1594-0.03660.6644-0.0180.432667.536712.791152.6669
113.111-1.2852-0.70071.34021.02033.03540.0274-0.42030.31050.40270.1090.4773-0.0589-0.4704-0.11050.8981-0.15070.20840.7258-0.02860.545459.460316.348254.4478
121.6481-0.9383-1.0151.54622.26935.26060.0343-0.9473-0.21750.82890.1657-0.42950.92180.87110.12120.917-0.25170.14110.7250.22180.454864.06631.404347.66
133.78831.5039-1.60752.32550.10562.09050.40870.33760.58830.31410.20910.6234-0.7605-1.1403-0.34290.94170.17790.04181.10860.11130.733836.790913.476166.2552
142.24670.74990.00093.0217-0.20262.6765-0.23040.6292-0.10650.00670.68830.50660.0537-0.8727-0.34041.0192-0.06570.22481.15280.05240.581435.4366.522161.9723
154.14551.23910.65956.5910.10313.8875-0.29810.2674-0.41860.79710.28530.41480.9406-0.52970.10050.98-0.02230.14520.9749-0.0020.473936.19252.85471.0674
165.15680.8777-1.42770.204-0.21135.92410.14690.4613-0.0102-0.0155-0.2090.0070.5748-1.9221-0.10070.7675-0.19680.05420.6850.04870.57548.81655.903933.0077
176.88390.8499-0.96455.2558-0.63143.6027-0.13181.22350.39-0.1162-0.08290.5180.5415-0.21060.18630.56130.0930.0240.45640.00220.302959.60597.588429.5085
188.7933-0.5278-2.68453.55-2.24662.5136-0.7063-1.7852-0.3341-0.27050.5211-1.03311.46930.14360.12681.0359-0.32440.13110.771-0.03770.485855.3377-0.021343.5533
192.2078-0.1699-0.16171.8630.78431.77790.3234-0.0628-1.0168-0.469-1.0349-0.33171.65950.19730.53081.244-0.14670.24360.75110.01380.819758.5127-4.917934.7183
203.4065-0.8634-1.57861.1382-0.07312.628-0.2330.3764-0.14440.25950.19910.50550.391-1.801-0.04590.9384-0.2760.11611.31380.04860.684439.8756.214248.1557
213.7087-1.972-1.98493.9181.9363.097-0.7352-0.44960.97940.49341.2382-0.0127-0.8216-0.7108-0.29141.11780.1959-0.27342.3410.40351.084124.526411.763247.0612
222.31260.8672-1.91332.10890.16344.0464-0.10480.04930.41990.07290.16740.5425-0.5071-1.45730.19750.86750.0291-0.07091.73830.25780.966427.171812.937354.8029
230.15920.3689-0.29580.9758-0.77220.62180.10451.48860.3492-0.1019-0.11661.3426-0.4666-1.34540.19420.9220.0447-0.06882.6902-0.02491.443416.180211.119253.851
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311.1576-0.4206-0.64240.42180.01470.53761.07480.5233-0.2190.10430.9153-0.74060.71710.0223-0.69592.5314-0.8413-0.56251.6592-0.61562.5917143.422642.077157.6697
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341.8428-0.31110.42422.2827-0.20540.1067-0.24281.0338-0.684-0.5446-0.2133-0.29280.24790.17060.18161.0540.3314-0.19452.376-0.12160.9823156.58735.32813.3357
351.3413-0.1091-1.4751.30180.5161.6926-0.0886-0.0535-0.0521-0.44140.01740.27350.62020.08260.31261.22790.0866-0.15022.4198-0.09550.9229159.50333.342118.0682
360.34620.97210.00873.19320.77042.3302-0.97220.24170.0257-0.33930.54110.09060.78030.29550.15711.17070.3328-0.19382.1236-0.4571.1721160.49-3.533810.9643
373.2103-0.806-1.29832.59910.60781.7553-0.020.24190.70220.8583-0.08260.66510.07731.99780.14730.6075-0.0899-0.09671.2862-0.03051.0791137.567121.42340.4989
381.6628-1.292-0.23231.87591.71473.32081.145-0.30150.52840.83150.09840.23240.6841.1257-0.71960.94110.0229-0.07871.28530.04251.5113139.04425.92938.4235
394.2140.7346-1.1410.75560.89112.1646-0.1847-0.7486-0.0818-0.0545-0.13010.15010.41770.82080.2180.58790.022-0.19771.39250.15670.9431136.784615.346241.5168
400.12230.05470.22330.7034-0.12990.4955-0.24050.94530.4433-0.13770.0853-0.50470.18880.6194-0.04440.4636-0.0343-0.23382.491-0.14590.8269158.921517.872937.6194
411.01820.07110.95630.02390.10440.95590.50290.0298-1.4719-0.35560.4803-0.07850.475-0.2979-0.45531.4080.2959-0.01053.1754-0.19181.3637169.02539.075810.2745
420.4053-0.54051.66941.6358-0.4142.00050.3280.47460.4574-0.2608-0.706-0.5327-1.34341.29480.67391.0180.24480.02273.45040.15580.9104166.047918.483322.0404
433.0152-0.84720.66212.3781.02181.70370.2331-0.07360.06290.1975-0.1385-0.2501-0.02110.2423-0.07140.91290.0664-0.0542.27830.04181.1774162.398417.871522.6807
440.9877-0.9094-0.18622.12660.27830.04730.51250.38440.5324-0.721-0.3487-0.3585-0.96661.1032-0.57910.6368-0.10260.04663.0479-0.22161.0266171.804118.399916.2089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 57 )A44 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 79 )A58 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 195 )A80 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 214 )A196 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 251 )A215 - 251
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 252 through 265 )A252 - 265
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 266 through 288 )A266 - 288
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 289 through 308 )A289 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 4 through 36 )C4 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 37 through 86 )C37 - 86
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 87 through 101 )C87 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 102 through 121 )C102 - 121
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 122 through 146 )C122 - 146
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 147 through 200 )C147 - 200
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 201 through 225 )C201 - 225
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 19 through 32 )B19 - 32
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 33 through 51 )B33 - 51
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 52 through 75 )B52 - 75
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 76 through 139 )B76 - 139
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 140 through 150 )B140 - 150
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 151 through 187 )B151 - 187
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 188 through 211 )B188 - 211
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 44 through 57 )D44 - 57
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 58 through 104 )D58 - 104
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 105 through 122 )D105 - 122
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 123 through 163 )D123 - 163
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 164 through 175 )D164 - 175
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 176 through 251 )D176 - 251
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 252 through 280 )D252 - 280
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 281 through 308 )D281 - 308
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 4 through 80 )F4 - 80
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 81 through 121 )F81 - 121
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 122 through 169 )F122 - 169
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 170 through 215 )F170 - 215
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 216 through 225 )F216 - 225
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 1 through 38 )E1 - 38
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 39 through 53 )E39 - 53
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 54 through 102 )E54 - 102
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 103 through 113 )E103 - 113
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 114 through 128 )E114 - 128
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 129 through 150 )E129 - 150
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 151 through 172 )E151 - 172
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 173 through 211 )E173 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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