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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xpx | ||||||||||||
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タイトル | Human antibody S1V2-51 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Aichi/2/1968 (X-31)(H3N2) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / antibody antigen complex / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / virus (ウイルス) / influenza (インフルエンザ) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å | ||||||||||||
データ登録者 | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. 著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xpx.cif.gz | 292.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xpx.ent.gz | 234.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31936.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Aichi/2/1968 (X-31)(H3N2) / 遺伝子: 41857 / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03437 |
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-抗体 , 2種, 2分子 CB
#2: 抗体 | 分子量: 24198.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: 抗体 | 分子量: 24159.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 26分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-1PE / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.3 M Magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 2000, 15% (w/v) Glycerol, 0.1 M BICINE, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.598→42.65 Å / Num. obs: 30757 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06237 / Rpim(I) all: 0.03622 / Rrim(I) all: 0.07237 / Net I/σ(I): 12.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.598→2.691 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7997 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 2992 / CC1/2: 0.583 / CC star: 0.858 / Rpim(I) all: 0.4695 / Rrim(I) all: 0.931 / % possible all: 96.86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6E56, 5I18, 6E4X 解像度: 2.598→42.646 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.15 Å2 / Biso mean: 80.1681 Å2 / Biso min: 34.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.598→42.646 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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