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- PDB-6xpy: Human antibody S1V2-58 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpy
タイトルHuman antibody S1V2-58 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Texas/50/2012(H3N2)
要素
  • Fab heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab light chainFragment antigen-binding
  • Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / antibody antigen complex / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / virus (ウイルス) / influenza (インフルエンザ) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.603 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: Fab light chain
B: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7085
ポリマ－81,5353
非ポリマー1,1732
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.070, 158.190, 137.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 32618.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Texas/50/2012(H3N2) / 遺伝子: HA, L998_47834gpHA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4L1D1
#2: 抗体 Fab light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23493.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: antibody kappa chain / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 25423.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: antibody heavy chain / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS, pH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.603→48.214 Å / Num. obs: 15283 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.04303 / Rrim(I) all: 0.1184 / Net I/σ(I): 13.82
反射 シェル解像度: 3.603→3.732 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8952 / Num. unique obs: 11109 / CC1/2: 0.867 / CC star: 0.964 / Rpim(I) all: 0.3439 / Rrim(I) all: 0.9602 / % possible all: 98.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W08, 6E4X

5w08

6e4x


解像度: 3.603→48.214 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 722 4.73 %
Rwork0.2557 14533 -
obs0.2581 15255 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 320.56 Å2 / Biso mean: 163.2586 Å2 / Biso min: 70.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.603→48.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 78 0 5568
Biso mean--176.6 --
残基数----711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6547798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0133408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044885
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005992
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6033-3.88140.37081310.3469284099
3.8814-4.27180.32091490.28882872100
4.2718-4.88940.30641540.25642879100
4.8894-6.15810.3081480.26982902100
6.1581-48.2140.27841400.22023040100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9754-0.26562.92140.0455-0.50424.8418-2.50370.94030.9595-1.41863.5145-0.76540.26240.74770.95022.2773-0.0247-0.11441.42430.78051.294319.0535-44.6122-45.8
23.3624-0.16290.86591.7276-3.14878.2736-0.14150.38530.1145-0.40440.23040.40440.071-1.0741-0.16371.3383-0.0458-0.02481.3429-0.04131.099117.5988-64.1668-28.4873
38.515-4.5037-2.57624.34064.00056.19631.81393.016-1.5372-1.3152-0.7611.46280.2788-2.32550.50111.458-0.2414-0.23651.5856-0.30021.3328.2675-71.2384-21.6784
45.92450.3696-2.0464.4013-1.9226.33170.99760.55820.19760.0633-0.10010.24-0.64220.47060.31961.5751-0.0146-0.04490.9997-0.10561.315424.0164-81.3658-18.7143
51.93251.96221.22254.4523-1.00965.06570.2214-0.55520.26860.52870.270.36290.8302-0.6986-0.07451.05370.036-0.10830.71510.09431.056318.7571-71.0973-12.0466
68.24653.0557-5.60795.082-4.31455.2413-0.58261.6316-1.39980.35850.6993-0.81590.5302-1.4253-0.29881.2190.1997-0.15141.2779-0.12391.327230.2241-72.8535-12.368
73.4718-5.74143.15379.9974-2.74996.6188-0.69120.4139-0.85132.07960.70820.8306-0.9883-1.54850.34121.78780.3226-0.01981.7994-0.04481.211511.4193-61.7199-7.9283
85.7702-0.07170.46115.7539-3.74827.0593-0.1523-0.1392-0.1202-1.36550.4119-0.17140.3479-0.88740.44920.9329-0.06980.05890.5806-0.07510.750426.4437-72.0604-21.8139
93.44982.69331.77893.8892-1.26155.01-0.42491.85281.5677-0.5736-0.4708-0.563-1.622-1.1750.62011.850.0532-0.1331.84790.11071.023820.5428-51.9036-41.5563
107.81662.1806-1.31992.2176-1.53491.0249-1.6843-0.37333.39990.25742.94682.818-3.96590.88060.00342.7361-0.3516-0.22131.59710.46921.548124.4125-39.9992-44.8785
114.98144.0279-1.1698.75081.12911.5226-0.4085-0.4279-0.6578-0.77041.62631.05071.6419-2.1545-0.07471.7486-0.0980.50072.38320.90782.326328.9654-40.4753-40.5517
120.42030.7566-0.0912.14732.9515.1812-0.8680.6030.1396-1.5572-0.19361.9548-1.791-2.88081.48741.93990.7702-0.41242.2507-0.43632.5395-2.2433-36.5743-9.7613
135.30480.1869-3.24247.4187-0.10627.2687-1.7517-1.26991.4288-0.0414-1.0668-1.418-1.0087-0.54140.76181.661.0315-0.0592.0306-0.1521.15665.9357-41.6855-12.7104
143.7495-1.0156-1.35444.52022.96194.41410.73641.61670.4825-1.3139-0.84710.1639-0.4014-0.9240.31891.45460.4918-0.45552.0539-0.28031.22160.9664-48.5044-9.0661
150.842-1.2075-1.66142.57632.44361.9659-0.26362.26022.0711-1.0754-0.06381.3253-0.5602-0.80270.33361.64790.372-0.32172.0086-0.43211.3147-2.1108-40.6873-4.2399
167.3075-0.6992-3.8296.19594.46336.89760.16620.3225-1.5458-0.29770.05360.58520.7584-0.06-0.60471.16290.2646-0.36730.8672-0.1011.2509-15.9108-28.006520.3889
177.7318-2.3526-0.01254.196-2.41433.21780.85791.3348-0.8604-0.6218-0.2243-0.00780.6770.162-0.11510.94440.1069-0.31.2671-0.15050.9342-15.2788-25.226318.4257
187.57620.8984.11890.3902-1.102810.0083-0.57760.2136-0.6304-0.7578-0.0795-0.2002-0.20381.1385-0.25851.2092-0.1167-0.04030.9402-0.12791.1456-25.8342-25.574918.1532
195.8702-1.64690.99619.1899-0.53047.68380.445-0.55260.02690.038-0.2293-0.05550.5811-0.64710.02411.45170.0692-0.07381.2531-0.1041.274217.9633-43.19375.9214
206.2582-3.6044-2.53584.82133.87494.72560.12310.03870.4922-0.1794-0.0118-0.70810.43070.27140.18651.2190.146-0.08961.228-0.01520.97216.3124-43.7074.8584
218.74074.75570.33565.9841-0.11677.15410.971-0.3655-2.095-0.1339-0.40310.00780.7790.7413-0.45121.38450.2916-0.51121.1188-0.19181.6809-8.7836-36.273923.5274
220.517-1.355-0.09842.29390.23763.69620.65570.1664-1.5117-0.345-0.1384-0.01920.86641.4016-0.50721.1357-0.0219-0.56471.0658-0.03441.832-9.069-41.098228.6317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 60 )A41 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 132 )A61 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 153 )A133 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 174 )A154 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 195 )A175 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 196 through 214 )A196 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 215 through 228 )A215 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 229 through 260 )A229 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 261 through 280 )A261 - 280
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 281 through 298 )A281 - 298
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 299 through 311 )A299 - 311
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 18 )C1 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 19 through 38 )C19 - 38
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 39 through 75 )C39 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 76 through 113 )C76 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 114 through 150 )C114 - 150
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 151 through 198 )C151 - 198
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 199 through 212 )C199 - 212
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 1 through 66 )B1 - 66
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 67 through 133 )B67 - 133
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 134 through 189 )B134 - 189
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 190 through 228 )B190 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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