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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xpr | ||||||||||||
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タイトル | Human antibody D2 H1-1/H3-1 H3 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Texas/50/2012(H3N2) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / human antibody antigen complex / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / influenza (インフルエンザ) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.092 Å | ||||||||||||
データ登録者 | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. / Lee, J. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. 著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xpr.cif.gz | 288.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xpr.ent.gz | 231.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 32618.846 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Texas/50/2012(H3N2) / 遺伝子: HA, L998_47834gpHA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4L1D1 |
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-抗体 , 2種, 4分子 BECF
#2: 抗体 | 分子量: 25692.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23252.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 6分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.91 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M lithium sulfate, 30% v/v PEG400, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.092→49.12 Å / Num. obs: 25192 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 97.78 Å2 / CC1/2: 0.965 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.3059 / Rpim(I) all: 0.1897 / Rrim(I) all: 0.3614 / Net I/σ(I): 4.53 |
反射 シェル | 解像度: 4.092→4.238 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8466 / CC1/2: 0.776 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.5332 / Rrim(I) all: 1.012 / % possible all: 98.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 5W08, 4Y5V, & 6E4X 解像度: 4.092→49.117 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 255.6 Å2 / Biso mean: 131.0644 Å2 / Biso min: 26.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.092→49.117 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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