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- PDB-6xkr: Structure of Sasanlimab Fab in complex with PD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkr
タイトルStructure of Sasanlimab Fab in complex with PD-1
要素
  • Programmed cell death protein 1PD-1
  • Sasanlimab Fab Heavy chain
  • Sasanlimab Fab Light chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / anti-PD-1 / Fab / Complex / Immuno-Oncology / ANTITUMOR PROTEIN / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Kimberlin, C.R. / Chin, S.M.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2020
タイトル: Pharmacologic Properties and Preclinical Activity of Sasanlimab, A High-affinity Engineered Anti-Human PD-1 Antibody.
著者: Al-Khami, A.A. / Youssef, S. / Abdiche, Y. / Nguyen, H. / Chou, J. / Kimberlin, C.R. / Chin, S.M. / Kamperschroer, C. / Jessen, B. / Kern, B. / Budimir, N. / Dillon, C.P. / Xu, A. / Clark, J. ...著者: Al-Khami, A.A. / Youssef, S. / Abdiche, Y. / Nguyen, H. / Chou, J. / Kimberlin, C.R. / Chin, S.M. / Kamperschroer, C. / Jessen, B. / Kern, B. / Budimir, N. / Dillon, C.P. / Xu, A. / Clark, J.D. / Chou, J. / Kraynov, E. / Rajpal, A. / Lin, J.C. / Salek-Ardakani, S.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Sasanlimab Fab Heavy chain
L: Sasanlimab Fab Light chain
P: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4918
ポリマ－65,0303
非ポリマー4605
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.453, 90.622, 176.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 Sasanlimab Fab Heavy chain


分子量: 24860.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Sasanlimab Fab Light chain


分子量: 24372.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 15796.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15116
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.5M LiCl, 0.1M Citric Acid, pH 4, 22% w/v PEG 6000, 0.5% w/v ODG
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→49.32 Å / Num. obs: 21538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 47.89 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.423 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.44 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.59-2.7112.93.4623263225340.4130.9963.6040.8100
8.97-49.3110.80.05866476150.9990.0180.06131.799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B8C

5b8c


解像度: 2.59→49.311 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 1075 5.01 %
Rwork0.2185 20397 -
obs0.221 21472 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.71 Å2 / Biso mean: 56.6599 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→49.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 30 107 4257
Biso mean--75.8 45.48 -
残基数----548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4785798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.1972500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.59-2.70790.37171300.36782453
2.7079-2.85070.38661320.3282518
2.8507-3.02920.35741320.29942507
3.0292-3.26310.31711330.2532516
3.2631-3.59140.30181320.22682531
3.5914-4.11080.28051360.20042566
4.1108-5.17830.1921360.15472581
5.1783-49.3110.22321440.18912725
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77240.29720.02792.87440.37991.53740.0412-0.2020.0444-0.1107-0.078-0.0776-0.17250.04030.05340.3161-0.00110.03980.41020.07910.4159.145971.184343.5779
20.07510.64010.09311.68080.1212-0.05410.014-0.0184-0.05160.16270.0398-0.17410.1074-0.0507-0.00010.42860.01440.04760.3982-00.41827.057784.343334.303
31.1111-0.8105-0.47012.47851.4333.5428-0.1690.1593-0.05650.0365-0.05980.1608-0.3079-0.34680.18780.27520.017-0.01030.3394-0.01480.3357-1.683498.697424.3979
43.49160.9307-0.85152.7101-1.19593.58230.12910.1081-0.1058-0.4687-0.1122-0.16010.59650.06340.02020.45840.07260.09070.32360.0230.40615.517464.229321.2933
50.6837-0.3853-0.65961.4178-0.32351.3567-0.165-0.14350.0807-0.10.1216-0.2994-0.0897-0.00110.00940.42320.0255-0.01430.38930.0250.393210.821386.215919.8524
61.79720.2484-0.34943.42361.04343.0847-0.1793-0.04510.2129-0.4110.3174-0.0731-0.51960.3465-0.11910.5377-0.00020.03610.43550.02860.386613.727102.860814.9624
75.938-0.681-0.08754.9067-1.04523.6471-0.72660.2962-0.9042-0.76390.71230.77360.0599-0.58430.07290.8206-0.06190.04040.49670.03390.60170.936938.375221.6303
81.74510.67170.64332.8239-1.00771.38590.261-0.3112-1.03852.234-0.6735-1.2699-0.6318-0.59050.35571.13140.10750.06790.74390.1130.91094.903741.394339.4092
92.75550.4893-1.4112.63310.68972.8174-0.11550.4518-0.0889-0.98750.0983-1.0256-0.48220.64210.25360.96970.01190.13250.5524-0.00950.68943.66248.515825.6009
105.06481.53061.28175.5134-2.29132.2155-0.56991.34280.743-0.38230.88250.41-0.8387-0.7182-0.2661.0136-0.0872-0.07660.56920.03970.66685.270452.314620.2263
110.5455-0.14271.08590.11120.01933.1675-0.11260.5446-0.2114-0.5141-0.32251.11850.62160.67360.14830.85640.0414-0.00210.77960.1150.8445-5.836355.673326.1694
121.93812.0926-0.55232.4347-1.94828.9807-0.43870.06750.1234-0.18790.1264-0.43940.452-1.63420.34040.43680.0953-0.04470.59240.04080.5571-4.907841.491728.3838
134.0859-0.21331.09833.1982-0.59144.1967-0.2383-0.40060.2757-0.0423-0.5143-0.38040.3478-0.28980.84050.9599-0.2133-0.17771.26430.22950.6925-4.140247.410.1258
142.36280.143-0.42371.18820.7295.43730.1195-0.20280.1984-0.92610.306-0.48070.0689-0.1357-0.52230.73620.03180.15190.18650.04310.51548.329448.34530.8442
153.561.05380.71273.84831.34524.3228-0.69631.0940.0993-0.96330.3684-0.006-0.4161.6230.1911.05480.03090.24350.53560.06870.65757.367542.313420.3269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 83 )H1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 84 through 138 )H84 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 139 through 218 )H139 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 81 )L1 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 82 through 143 )L82 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 144 through 220 )L144 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 32 through 55 )P32 - 55
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'P' and (resid 56 through 62 )P56 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'P' and (resid 63 through 70 )P63 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'P' and (resid 71 through 82 )P71 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'P' and (resid 83 through 94 )P83 - 94
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 95 through 111 )P95 - 111
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'P' and (resid 112 through 118 )P112 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'P' and (resid 119 through 133 )P119 - 133
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'P' and (resid 134 through 144 )P134 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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