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- PDB-4w9n: Enoyl-acyl carrier protein-reductase domain from human fatty acid... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4w9n | ||||||
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Title | Enoyl-acyl carrier protein-reductase domain from human fatty acid synthase complexed with triclosan | ||||||
![]() | (Enoyl-[acyl-carrier-protein] ...) x 2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / ether lipid biosynthetic process / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development ...fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / ether lipid biosynthetic process / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development / : / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sippel, K.H. / Vyas, N.K. / Sankaran, B. / Quiocho, F.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the human Fatty Acid synthase enoyl-acyl carrier protein-reductase domain complexed with triclosan reveals allosteric protein-protein interface inhibition. Authors: Sippel, K.H. / Vyas, N.K. / Zhang, W. / Sankaran, B. / Quiocho, F.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 699.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 584.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4w82SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
-Enoyl-[acyl-carrier-protein] ... , 2 types, 4 molecules ABDC
#1: Protein | Mass: 36778.012 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: unp residues 1529-1867 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P49327, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase #2: Protein | | Mass: 36836.047 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 1529-1867 / Mutation: C1548(CSS) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P49327, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 538 molecules ![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TCL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TCL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-IMD / ![]() #4: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.36 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20 mM NADP+ and 2 mM triclosan cocrystallized with 2.625 M sodium chloride, 100 mM imidazole pH 7.5, microseeded |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector |
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Radiation | Monochromator: VeriMax / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.2 % / Number: 695699 / Rmerge(I) obs: 0.195 / D res high: 1.84 Å / D res low: 28.43 Å / Num. obs: 112996 / % possible obs: 95.9 / Rejects: 52 | |||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.84→28.43 Å / Num. obs: 112996 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 695699 / Scaling rejects: 52 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4W82 Resolution: 1.84→26.428 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 29.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.8 Å2 / Biso mean: 36.24 Å2 / Biso min: 13.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.84→26.428 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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