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万見
- PDB-6x87: CryoEM structure of the Plasmodium berghei circumsporozoite prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x87
タイトルCryoEM structure of the Plasmodium berghei circumsporozoite protein in complex with inhibitory mouse antibody 3D11.
要素
  • 3D11 Fab heavy chain
  • 3D11 Fab kappa chain
  • Circumsporozoite protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / malaria (マラリア)
機能・相同性Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / 細胞膜 / Circumsporozoite protein / Circumsporozoite protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kucharska, I. / Thai, E. / Rubinstein, J. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Other governmentCIFAR Azrieli Global Scholar program カナダ
Other governmentOntario Early Researcher Award program カナダ
Other governmentCanada Research Chair program カナダ
Other governmentCanadian Institutes of Health Research カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural ordering of the circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody 3D11.
著者: Iga Kucharska / Elaine Thai / Ananya Srivastava / John L Rubinstein / Régis Pomès / Jean-Philippe Julien /
要旨: Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, ...Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, and the partial efficacy of RTS,S/AS01 - the leading malaria vaccine against (Pf) - has been associated with the humoral response against the repeats. Although structural details of antibody recognition of PfCSP have recently emerged, the molecular basis of antibody-mediated inhibition of other Plasmodium species via CSP binding remains unclear. Here, we analyze the structure and molecular interactions of potent monoclonal antibody (mAb) 3D11 binding to CSP (PbCSP) using molecular dynamics simulations, X-ray crystallography, and cryoEM. We reveal that mAb 3D11 can accommodate all subtle variances of the PbCSP repeating motifs, and, upon binding, induces structural ordering of PbCSP through homotypic interactions. Together, our findings uncover common mechanisms of antibody evolution in mammals against the CSP repeats of Plasmodium sporozoites.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22089
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22089
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: 3D11 Fab heavy chain
L: 3D11 Fab kappa chain
X: Circumsporozoite protein
M: 3D11 Fab heavy chain
N: 3D11 Fab kappa chain
I: 3D11 Fab heavy chain
J: 3D11 Fab kappa chain
G: 3D11 Fab heavy chain
H: 3D11 Fab kappa chain
E: 3D11 Fab heavy chain
F: 3D11 Fab kappa chain
C: 3D11 Fab heavy chain
D: 3D11 Fab kappa chain
A: 3D11 Fab heavy chain
B: 3D11 Fab kappa chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,54715
ポリマ－365,54715
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area40210 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area129170 Å2

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要素

#1: 抗体
3D11 Fab heavy chain


分子量: 22830.475 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
3D11 Fab kappa chain


分子量: 24191.020 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Circumsporozoite protein /


分子量: 36397.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
遺伝子: CS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D1L8V5, UniProt: P06915*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 FabCOMPLEXall0RECOMBINANT
23D11 Fab heavy chain, 3D11 Fab kappa chainCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Circumsporozoite proteinCOMPLEX#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Plasmodiidae sp. (真核生物)2605378
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン(HOCH2)2CNH21
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.02 %sodium azideNaN31
40.01 %n-dodecyl beta-D-maltosideC24H46O111
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 42.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2080

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18rc5_3822精密化
PHENIX1.18rc5_3822精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
4cryoSPARC2CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIX1.18モデル精密化
12cryoSPARC2分類
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 669223
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165747 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 10.96 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00223723
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.516832302
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04033687
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00534111
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.92648456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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