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万見
- PDB-6x1r: Crystal Structure of Choanoflagellate (Monosiga brevicollis) Dlg1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1r
タイトルCrystal Structure of Choanoflagellate (Monosiga brevicollis) Dlg1 PDZ2 (mbDLG-2) in spacegroup P212121
要素mbDLG protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / choanoflagellates (襟鞭毛虫) / Monosiga brevicollis / peptide-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor localization to synapse / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / receptor clustering / 細胞接着 / 細胞結合 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / SH3ドメイン / PDZ domain profile. ...Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / SH3ドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / SH3-like domain superfamily / SH3ドメイン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bamonte, H.A. / Amacher, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1904711 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural characterization and computational analysis of PDZ domains in Monosiga brevicollis.
著者: Gao, M. / Mackley, I.G.P. / Mesbahi-Vasey, S. / Bamonte, H.A. / Struyvenberg, S.A. / Landolt, L. / Pederson, N.J. / Williams, L.I. / Bahl, C.D. / Brooks 3rd, L. / Amacher, J.F.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mbDLG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9392
ポリマ－10,8471
非ポリマー921
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.091, 56.107, 57.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mbDLG protein


分子量: 10847.223 Da / 分子数: 1 / 断片: second PDZ domain (UNP residues 93-192) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
遺伝子: 209 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9UT73
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 5, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→40.3 Å / Num. obs: 28809 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.04 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 24.04
反射 シェル

CC1/2: 0.866 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRsym value% possible all
1.3-1.383.612.4884630.3696.5
1.38-1.4765.4282410.24399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BYG

2byg


解像度: 1.3→40.299 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 1432 4.99 %
Rwork0.195 27248 -
obs0.1956 28680 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.48 Å2 / Biso mean: 24.4252 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→40.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数697 0 6 123 826
Biso mean--44.96 33.14 -
残基数----94
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.769989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.536271
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3003-1.34680.26191520.2667256496
1.3468-1.40070.2411380.22592681100
1.4007-1.46450.23851280.21452720100
1.4645-1.54170.24981420.21272699100
1.5417-1.63830.2411510.20672676100
1.6383-1.76480.21571290.20672741100
1.7648-1.94240.21431620.19972720100
1.9424-2.22340.2051500.17942742100
2.2234-2.80120.22791250.1992799100
2.8012-40.2990.18031550.18642906100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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