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- PDB-6x08: Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x08
タイトルNup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2
要素
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin SEH1
  • VHH-SAN2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Nucleoporin (ヌクレオポリン) / nanobody (ナノボディ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / mRNA export from nucleus ...Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / 核膜 / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Sec13/Seh1 family / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin SEH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077537 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A nanobody suite for yeast scaffold nucleoporins provides details of the nuclear pore complex structure.
著者: Nordeen, S.A. / Andersen, K.R. / Knockenhauer, K.E. / Ingram, J.R. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin SEH1
B: Nucleoporin NUP85
K: VHH-SAN2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6093
ポリマ－117,6093
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)233.992, 233.992, 139.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39469.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEH1, YGL100W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53011
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 64622.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP85, RAT9, YJR042W, J1624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46673
#3: 抗体 VHH-SAN2


分子量: 13517.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.19→117 Å / Num. obs: 17026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 176.25 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 4.19→4.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1665 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.665

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EWE

3ewe


解像度: 4.19→117 Å / SU ML: 0.6691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3465 1700 10 %
Rwork0.3109 15295 -
obs0.3131 16995 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 207.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.19→117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6827 0 0 0 6827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00656969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94889489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05991082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.40282410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.19-4.320.38381380.38121240X-RAY DIFFRACTION99.14
4.32-4.460.45461380.37581232X-RAY DIFFRACTION99.85
4.46-4.610.41711380.35621257X-RAY DIFFRACTION100
4.61-4.80.34071400.34241253X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.020.34331380.32811238X-RAY DIFFRACTION100
5.02-5.280.32291400.30651261X-RAY DIFFRACTION100
5.28-5.610.37571410.33521265X-RAY DIFFRACTION100
5.61-6.050.33151410.35231278X-RAY DIFFRACTION99.93
6.05-6.650.39991410.35931270X-RAY DIFFRACTION99.86
6.66-7.620.40981430.34941280X-RAY DIFFRACTION100
7.62-9.60.31121460.26891315X-RAY DIFFRACTION100
9.6-1170.3171560.27051406X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.060668449742.72132501429-0.684673541774.73930690699-2.268772219984.546895018310.4532109823880.0323180072759-0.727018012081-0.01129096164680.006819877046250.3531328012331.18387074511-1.370616924366.01870025438E-51.52304427568-0.249608608579-0.1087716274611.40154733489-0.05169344533061.3876176488664.3315870578-89.847015083926.6025972364
20.9455450875020.178088568179-0.5618094928410.8594364489891.627030558523.508026103230.600306330079-0.3139804717850.5757916261660.642021670267-0.4945455085710.336759909783-0.368406037297-1.059871570493.19648019704E-81.62125355591-0.438103769050.05019281005091.515312277860.07014972547541.8758799541164.7480565862-67.092865352623.5140179302
34.078129590671.752216041040.3423388186852.361406636330.4855520742253.985568331711.74928724298-0.7003878351141.63086217913-1.337872791520.263960587371-1.975529708860.757733843463-0.2285407724352.577705293952.73718443686-1.75616785723-0.1116437268681.79210591970.7562907235781.9973917469961.0551888814-71.3390059752-3.5521684451
41.042169197330.013954260842-0.5300364147750.307718090266-0.1639910698320.6765934976320.5770591744330.2402482505470.4162656344480.2509000933850.5760627604280.493687536413-0.41271139091-0.8771097864844.179654397454.418358164520.3891317964710.5013809117272.206271874611.070039803881.503077501849.26507863-71.6696878332-0.076086823247
51.4302292288-0.339805659273-0.08493384327280.228768039350.5465151203481.89317655772-0.7334830470880.278905515543-0.06259321825141.11618598695-1.102177573810.177518481018-0.096484080111-0.898737401713-1.455663152941.43653946857-0.826831574934-0.1156735625771.69956806365-0.3617300803183.6150783258154.4371049476-74.53475699478.69009169667
61.25984096172-0.3864747774130.1749190846880.6891818360940.1157451977031.419669833322.06648930778-1.17767165317-0.564218863539-1.79790452166-0.845874042861-1.05069431295-1.046902638930.1513889495720.2894595573541.86639612739-0.51567913881-0.01965151474191.13856992419-0.2054216552012.0152697231363.1144140856-78.92501017545.15376431407
73.637315825480.422373658159-0.2845992865684.151055159040.9954779281612.494329267810.72115862738-0.275414626792-1.82305540441-0.6744410274860.867166562818-1.666583208140.840803430826-1.033419769310.3223570823032.06074620917-0.7155403909710.2712038725441.372182524440.2666857419591.6977540887892.9026183306-59.90147591124.3726206755
84.08817852399-1.81585863877-0.9992212611412.90619421127-0.6035134599571.074993787170.965841547404-1.13429603850.8936336373930.5712643127960.28943794278-0.3406075900650.260295736836-1.480391063570.03934313056722.52331764023-0.924482839910.713041816581.888590500440.604450391071.4422261611794.7361801139-58.078652276-4.42161339907
92.67430535319-2.985149467-0.5641432434834.11016961248-0.8879415390993.01770459924-0.599205990306-0.5072768774190.1979561056660.370813906889-0.4541445065370.665642639964-2.31430075213-1.28785909287-0.1098814891682.14794953593-0.5400501724130.10503457541.438150862430.3244496905281.4112249162390.4611590971-49.4302383643-8.46960236485
100.141403358152-0.164660950672-0.1908796694710.341232380174-0.2343215743370.4822576923890.714301901824-0.0930696993361-0.4318499486841.1117573282-0.5805481230961.498803128871.88506556982-0.188922231665-2.30595483681E-71.57632489296-0.636940848966-0.4353196295481.4757849325-0.1304312264391.9428658823180.720928378-43.6121802126-29.6748524346
112.191851227133.07914681884-2.038994380214.97851335379-1.999144814243.04749670286-0.5014712975870.6887592111310.300734171073-1.938090694731.22195418190.348996447679-0.961791358229-1.060005166460.006125333703882.61402515491-0.180668870043-0.4093238824341.507107742950.3146583315321.6066165853491.531419742-32.6622525884-28.1519712163
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132.384005072013.08506652144-1.362599761774.24098550083-3.058916652413.939006032240.0619458964258-0.6128319764780.0614263961281-1.061013300610.7283214073860.250687012664-0.358797035665-0.5040205756970.0004258772138451.83997414267-0.624553532286-0.4917949002671.471597883830.3846397963511.9016699598187.5701885791-65.68124652713.213055621
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 64 through 168 )AA64 - 16864 - 168
22chain 'A' and (resid 169 through 347 )AA169 - 347169 - 310
33chain 'B' and (resid 47 through 56 )BB47 - 561 - 10
44chain 'B' and (resid 57 through 61 )BB57 - 6111 - 15
55chain 'B' and (resid 62 through 70 )BB62 - 7016 - 24
66chain 'B' and (resid 71 through 95 )BB71 - 9525 - 49
77chain 'B' and (resid 96 through 138 )BB96 - 13850 - 85
88chain 'B' and (resid 139 through 164 )BB139 - 16486 - 111
99chain 'B' and (resid 165 through 213 )BB165 - 213112 - 160
1010chain 'B' and (resid 214 through 254 )BB214 - 254161 - 192
1111chain 'B' and (resid 255 through 367 )BB255 - 367193 - 305
1212chain 'B' and (resid 368 through 402 )BB368 - 402306 - 340
1313chain 'B' and (resid 403 through 531 )BB403 - 531341 - 450
1414chain 'B' and (resid 532 through 556 )BB532 - 556451 - 475
1515chain 'K' and (resid 1 through 51 )KC1 - 511 - 51
1616chain 'K' and (resid 52 through 101 )KC52 - 10152 - 101
1717chain 'K' and (resid 102 through 125 )KC102 - 125102 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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