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万見
- PDB-6wwc: Vaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP16.0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wwc
タイトルVaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP16.02 with S48K mutation in light chain in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
要素
  • fusion peptide膜融合タンパク質
  • vFP16.02 antibody heavy chain
  • vFP16.02 antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / fusion peptide (膜融合タンパク質) / antibody (抗体) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.563 Å
データ登録者Xu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Mutational fitness landscapes reveal genetic and structural improvement pathways for a vaccine-elicited HIV-1 broadly neutralizing antibody.
著者: Madan, B. / Zhang, B. / Xu, K. / Chao, C.W. / O'Dell, S. / Wolfe, J.R. / Chuang, G.Y. / Fahad, A.S. / Geng, H. / Kong, R. / Louder, M.K. / Nguyen, T.D. / Rawi, R. / Schon, A. / Sheng, Z. / ...著者: Madan, B. / Zhang, B. / Xu, K. / Chao, C.W. / O'Dell, S. / Wolfe, J.R. / Chuang, G.Y. / Fahad, A.S. / Geng, H. / Kong, R. / Louder, M.K. / Nguyen, T.D. / Rawi, R. / Schon, A. / Sheng, Z. / Nimrania, R. / Wang, Y. / Zhou, T. / Lin, B.C. / Doria-Rose, N.A. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / DeKosky, B.J.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vFP16.02 antibody heavy chain
B: vFP16.02 antibody light chain
C: fusion peptide
D: vFP16.02 antibody heavy chain
F: fusion peptide
H: vFP16.02 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9736
ポリマ－95,9736
非ポリマー00
水1,946108
1
A: vFP16.02 antibody heavy chain
B: vFP16.02 antibody light chain
C: fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9873
ポリマ－47,9873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
D: vFP16.02 antibody heavy chain
F: fusion peptide
H: vFP16.02 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9873
ポリマ－47,9873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.628, 70.526, 93.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22chain H
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPROchain AAA1 - 2171 - 217
21GLNGLNPROPROchain DDD1 - 2171 - 217
12ASPASPGLUGLUchain BBB1 - 2181 - 218
22ASPASPGLUGLUchain HHF1 - 2181 - 218
13ALAALAPHEPHEchain CCC512 - 5191 - 8
23ALAALAPHEPHEchain FFE512 - 5191 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 vFP16.02 antibody heavy chain


分子量: 23073.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 vFP16.02 antibody light chain


分子量: 24179.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド fusion peptide / 膜融合タンパク質


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23890 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.749 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.642.90.43811520.8570.2890.5270.47194.2
2.64-2.6930.37611890.8960.2450.450.49898.2
2.69-2.7430.37411910.8870.2450.4480.48598.8
2.74-2.83.10.30712260.910.2010.3680.51699.2
2.8-2.863.10.29711870.9320.1950.3570.55498.8
2.86-2.933.20.26512040.940.1720.3170.5499.1
2.93-33.10.23511980.9510.1540.2820.55999
3-3.083.10.20512070.9660.1360.2470.58198.6
3.08-3.1730.18712020.9520.1250.2260.61998.6
3.17-3.282.90.16412190.9630.1130.2010.6698.6
3.28-3.392.90.15111960.9730.1030.1840.65598.8
3.39-3.5330.13511770.9670.0910.1630.8197
3.53-3.693.10.11711850.9770.0760.140.81897.4
3.69-3.883.20.10111980.9820.0660.1220.89497.2
3.88-4.133.30.09312000.9870.060.1120.97598.5
4.13-4.453.20.08311810.9870.0550.11.01896.6
4.45-4.8930.0811780.9770.0570.0991.07594.5
4.89-5.630.07311830.9870.0510.090.97895.3
5.6-7.052.70.06811900.9910.0490.0840.93895.9
7.05-503.10.04512270.9960.0290.0541.26995.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CDO

6cdo


解像度: 2.563→35.263 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1108 4.64 %
Rwork0.2092 22766 -
obs0.2117 23874 83.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.71 Å2 / Biso mean: 42.9783 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.563→35.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6706 0 0 108 6814
Biso mean---38.8 -
残基数----878
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1278X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
12D1278X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
21B1314X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
22H1314X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
31C42X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
32F42X-RAY DIFFRACTION4.804TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5634-2.68010.4294440.308887126
2.6801-2.82130.32291030.2814211762
2.8213-2.9980.28851600.2616303089
2.998-3.22930.3181710.2429334199
3.2293-3.5540.29091560.2215335698
3.554-4.06770.25021630.2001335398
4.0677-5.12230.23331550.1706330896
5.1223-35.260.2361560.1919339096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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