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- PDB-6wqb: Crystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqb
タイトルCrystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex with acetyl-CoA
要素N-terminal acetyltransferase, GNAT familyPeptide alpha-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / acetyltransferase / acetyl coenzyme A (アセチルCoA) / acetyl CoA (アセチルCoA) / legionella hackeliae / legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) / effector / VipF
機能・相同性Acetyltransferase (GNAT) family / acetyltransferase activity / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-terminal acetyltransferase, GNAT family
機能・相同性情報
生物種Legionella hackeliae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex with acetyl-CoA
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2683
ポリマ－33,6491
非ポリマー1,6192
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.586, 36.427, 59.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase, GNAT family / Peptide alpha-N-acetyltransferase / VipF


分子量: 33649.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella hackeliae (バクテリア)
遺伝子: vipF, LHA_0223 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A0A8UKD4
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 5 mM acetyl-CoA, Cryoprotectant: paratone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 38174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 30.54
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.382 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WQC

6wqc


解像度: 1.75→29.67 Å / SU ML: 0.1931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6521
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 1904 5 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1852 38109 98.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 102 274 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02192514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6683434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1051372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8036900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.37961110.29552126X-RAY DIFFRACTION83.81
1.79-1.840.26171360.25782587X-RAY DIFFRACTION99.93
1.84-1.890.26421350.23232561X-RAY DIFFRACTION99.89
1.89-1.950.29391350.20712568X-RAY DIFFRACTION99.82
1.95-2.020.20791360.20282595X-RAY DIFFRACTION99.89
2.02-2.10.24621350.20092568X-RAY DIFFRACTION99.96
2.1-2.20.20221370.18462597X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.320.25051370.18912609X-RAY DIFFRACTION99.96
2.32-2.460.21061370.19022599X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.21271370.19472617X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.920.23361390.1942630X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.340.22911400.18512657X-RAY DIFFRACTION99.79
3.34-4.20.181400.15582674X-RAY DIFFRACTION99.86
4.2-29.670.18771490.16632817X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.20713198344-0.7784444943880.7129341744084.35615265712-0.1992179456162.12428618780.222797868224-0.0399795739388-0.07082928435210.0212719347506-0.0387001619102-0.5604599951010.2021590265350.0785680003265-0.1467792564170.1725393077540.0157755253434-0.01532979618840.150673198619-0.002718617235980.31081310454372.375921032837.487694196642.0981264752
23.518950194090.892025605552-1.311595517331.2947445304-0.2387647812341.851720825080.0394669908780.2607765176180.07774630376720.0477179825952-0.0345956965401-0.0820287213775-0.000315954836479-0.0481035578867-0.02342960969530.1941009561240.0655293977952-0.03079560948770.1998404254670.01239991650740.1085227773748.922777550135.274937099839.4912474303
37.30575787577-4.654865743685.2933961633.61871130459-4.272388645165.53449202875-0.06263355022811.409824585930.915894956904-1.78973952149-0.901362972562-1.315162743730.1215557262530.6673314457980.7304788517630.6828584924720.01290124604610.1707108294140.4689081393860.05117717346230.46295670865647.446629251219.934745046736.5124664583
41.444074365590.188415295406-0.4217216728161.76219730477-0.1756243019911.974474935710.009590455696210.0704168219501-0.005723185294640.0736076911666-0.0871641778005-0.03306500874190.09937745651950.07000027675950.07988696890180.2025904923530.034259819028-0.02797265935320.198976029339-0.0258829322210.087186526115245.655102006333.445192170643.6361289009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:100)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 101:168)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 169:178)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 179:289)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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