[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6woz: Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6woz | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249 | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | CELL INVASION / invasion / ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Reticulocyte binding protein 2, putative![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Chan, L.J. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Naturally acquired blocking human monoclonal antibodies to Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b. Authors: Chan, L.J. / Gandhirajan, A. / Carias, L.L. / Dietrich, M.H. / Vadas, O. / Visentin, R. / Franca, C.T. / Menant, S. / Soldati-Favre, D. / Mueller, I. / King, C.L. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 560.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 455.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wm9C ![]() 6wn1C ![]() 6wnoC ![]() 6wqoC ![]() 6wtuC ![]() 6wtvC ![]() 6wtyC ![]() 5w53S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 36519.789 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: Salvador I / Gene: PVX_094255 / Plasmid: pET32a(+) / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 25772.953 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: human antibody Fab heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23819.438 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: human antibody Fab light chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.89→49.145 Å / Num. obs: 85210 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.085 % / Biso Wilson estimate: 60.995 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rrim(I) all: 0.195 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 9.78 / Num. measured all: 603673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5W53 Resolution: 2.9→49.145 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.34
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.48 Å2 / Biso mean: 61.7958 Å2 / Biso min: 28.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→49.145 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|