PDB-5w53: Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w53

タイトル

Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b)

要素

Reticulocyte binding protein 2, putative

キーワード

CELL INVASION / reticulocyte-binding /

alpha-helical (Αヘリックス)

機能・相同性

NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / : / THIOCYANATE ION / Reticulocyte binding protein 2, putative

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Gruszczyk, J. / Tham, W.H.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Transferrin receptor 1 is a reticulocyte-specific receptor for Plasmodium vivax.
著者: Gruszczyk, J. / Kanjee, U. / Chan, L.J. / Menant, S. / Malleret, B. / Lim, N.T.Y. / Schmidt, C.Q. / Mok, Y.F. / Lin, K.M. / Pearson, R.D. / Rangel, G. / Smith, B.J. / Call, M.J. / Weekes, M.P. ...

履歴

登録	2017年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w53.cif.gz	288.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w53.ent.gz	233.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z8nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bpe-4 4z8n-1 4z8n-2 5vjx-4 3mom-d 3wyo-1 4cil-d 6xyn-1 4xqq-2 3wyo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reticulocyte binding protein 2, putative

B: Reticulocyte binding protein 2, putative

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reticulocyte binding protein 2, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Reticulocyte binding protein 2, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.500, 124.200, 65.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Reticulocyte binding protein 2, putative 分子量: 36519.789 Da / 分子数: 2 / 断片: ERYTHROCYTE-BINDING DOMAIN (RESIDUES 169-470) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_094255 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUFFLE T7 / 参照: UniProt: A5K736
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% W/V PEG3350, 200 MM POTASSIUM THIOCYANATE, 100 MM BIS-TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→34.87 Å / Num. obs: 100494 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.711 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM	1.0.7	データ削減
Aimless	0.2.7	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9-1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Z8N

4z8n

解像度: 1.71→34.17 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	1006	1 %	Random selection
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.168	100440	99.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→34.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5100	0	23	824	5947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.321	6979
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.078	2016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	892

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.8002	0.305	159	0.2733	14026	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8002-1.9129	0.3153	146	0.2367	14152	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9129-2.0606	0.2447	145	0.1973	14114	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0606-2.2679	0.1977	145	0.1671	14183	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2679-2.596	0.2028	131	0.1649	14284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-3.2703	0.1838	124	0.1644	14315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2703-34.1764	0.1506	156	0.1476	14360	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9745	1.1044	2.701	3.7117	2.5862	4.2187	0.0644	0.1303	-0.0388	-0.1156	-0.0105	0.4911	0.0508	-0.0245	-0.0212	0.1648	0.0333	0.0208	0.2138	0.012	0.2117	12.7309	82.3132	5.3086
2	4.9729	2.2274	2.9806	6.3837	2.9994	5.4874	0.1713	0.1532	-0.1291	-0.3548	-0.1969	0.9916	-0.087	-0.5079	0.074	0.1767	0.0676	-0.0443	0.345	0.0067	0.5133	0.5786	83.2342	1.828
3	3.7709	2.0145	2.1618	3.5675	2.9003	5.1605	-0.1484	-0.3108	0.2428	0.181	-0.1239	0.2646	0.0187	-0.2288	0.2122	0.3689	0.0109	0.089	0.2511	-0.0427	0.1778	22.1836	100.2487	26.1632
4	3.0625	2.0293	1.5318	6.0054	3.6095	4.7241	0.4653	-0.2448	-0.2187	0.6313	-0.4887	0.7083	0.5049	-0.6414	0.0542	0.2154	-0.0123	0.0286	0.3068	0.0277	0.4142	3.5725	76.3141	8.8572
5	4.2393	3.1878	0.6634	4.5244	1.2469	4.6271	-0.2387	0.4959	-0.1817	-0.8397	0.1762	0.3736	-0.1125	-0.0319	0.1076	0.4071	0.0361	-0.0902	0.3279	-0.0439	0.3266	15.1089	67.6458	-11.1004
6	6.5962	2.6112	4.3749	5.9386	2.0774	5.8915	-0.0077	0.3638	-0.3488	-0.0818	0.1447	-0.249	-0.0999	0.4103	-0.1263	0.1568	-0.0057	0.0462	0.1905	0.019	0.1861	38.1077	85.8926	12.5749
7	3.0719	2.4226	2.6743	4.2197	2.9371	4.8893	0.2118	-0.1505	-0.0972	0.5037	-0.063	-0.2256	0.0273	0.0673	-0.1705	0.2252	-0.0034	0.0043	0.1982	0.0224	0.1535	31.6642	88.6695	18.8695
8	2.3115	2.8433	1.7841	6.6714	3.1237	2.7803	0.1312	0.1279	-0.2102	-0.3282	0.0032	0.086	0.1112	0.0207	-0.1288	0.2327	0.0455	-0.0426	0.2188	-0.0109	0.1826	18.2635	71.4673	-1.8185
9	3.8116	2.4618	5.1692	6.423	2.1469	7.6222	-0.347	0.1152	0.2972	0.4243	0.1548	-0.3523	-0.6394	0.3779	0.2697	0.3865	-0.0548	0.0249	0.2889	-0.0052	0.237	43.0861	100.5364	20.1927
10	2.4849	2.1057	2.0494	3.3419	1.7201	3.7901	0.0289	0.0104	-0.0502	0.4712	-0.0449	-0.1178	-0.1871	0.0824	0.0458	0.263	0.0018	0.0116	0.1944	0.0298	0.1761	22.3026	54.3152	19.926
11	6.8889	4.7746	3.1404	7.0641	3.2292	5.1524	0.3899	-0.5418	-0.0313	0.9911	-0.3688	-0.3737	-0.4127	-0.0712	0.0369	0.6023	-0.0644	-0.0189	0.2823	0.0512	0.2113	22.5464	53.9756	33.0207
12	3.3433	2.5121	3.8392	6.5854	4.6321	6.2923	0.1776	0.0125	-0.3221	0.2968	-0.0278	0.059	0.3485	-0.2569	-0.1399	0.112	-0.0179	0.0304	0.27	-0.0196	0.3083	6.9634	34.8284	7.394
13	1.621	2.2629	2.6093	4.1736	3.5315	4.3732	-0.0748	-0.1667	0.1768	0.0099	-0.3075	0.6633	-0.174	-0.5724	0.4623	0.1665	0.0334	0.0351	0.3419	-0.0391	0.3454	2.6621	44.4723	10.5002
14	4.724	5.4126	5.1181	7.3814	6.3137	5.9704	0.4862	-0.2718	0.4661	0.8033	-0.469	0.4982	-0.5451	-0.1529	0.1239	0.7143	-0.0479	0.0397	0.3386	0.0014	0.2389	21.7602	66.3384	32.2949
15	4.8329	-1.2706	-1.4986	7.4466	4.6124	5.9741	0.252	0.0207	-0.2771	0.3997	0.032	-0.6681	-0.038	0.3972	-0.2871	0.3419	-0.0224	-0.1053	0.2615	0.0508	0.3215	39.2614	67.2387	21.3526
16	0.8287	1.2084	1.6533	4.3439	2.4552	3.7962	-0.0173	0.1144	-0.122	-0.3947	-0.015	0.0628	-0.359	0.0943	0.0746	0.2055	0.0287	0.0403	0.2765	-0.0169	0.1876	17.5945	48.1522	-3.9404
17	1.8115	2.9026	1.507	7.5981	3.539	2.3708	0.0124	0.0984	-0.0863	0.2073	0.0264	-0.2967	-0.1261	0.033	-0.0734	0.1841	0.0023	-0.0104	0.2109	0.0422	0.1753	30.1491	61.9378	14.7535
18	6.5669	2.5017	4.6581	9.2019	3.9795	4.0766	0.1376	0.199	-0.1736	-0.3878	0.038	0.2527	0.1053	0.1305	-0.2313	0.1721	0.0288	0.013	0.2258	-0.0343	0.2308	11.6987	31.5168	-14.4156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 168:214)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 215:240)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 241:278)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 279:311)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 312:334)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 335:362)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 363:396)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 397:448)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 449:470)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 168:214)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 215:239)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 240:263)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 264:290)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 291:311)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 312:335)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 336:396)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 397:453)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 454:470)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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