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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wm8 | ||||||
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タイトル | Proliferation-Associated protein 2G4 (PA2G4) | ||||||
要素 | Proliferation-associated protein 2G4 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / ErbB-3 receptor binding protein / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / Tumour suppressor (がん抑制遺伝子) / Proliferation-Associated protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cell differentiation / rRNA processing / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation ...positive regulation of cell differentiation / rRNA processing / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Gorman, M.A. / Stevenson, B.W. / Parker, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PA2G4: A Structural Perspective 著者: Gorman, M.A. / Stevenson, B.W. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wm8.cif.gz | 423.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wm8.ent.gz | 351 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2q8kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41252.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PA2G4, EBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQ80 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulphate 100 sodium citrate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.956 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: 1,1,1 Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.92 Å / Num. obs: 66388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4395 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.467 / Χ2: 1.03 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q8K 解像度: 2.6→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 17.821 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.182 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→48.92 Å
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拘束条件 |
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