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- PDB-6whn: Histone deacetylases complex with peptide macrocycles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whn
タイトルHistone deacetylases complex with peptide macrocycles
要素
  • Histone deacetylase 2
  • U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Anchor extension / de novo design macrocycles / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / behavioral response to ethanol ...protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / behavioral response to ethanol / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of cell fate specification / NuRD complex / negative regulation of stem cell population maintenance / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / regulation of stem cell differentiation / ESC/E(Z) complex / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / ヒストン脱アセチル化酵素 / cardiac muscle hypertrophy / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / response to caffeine / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / Notch-HLH transcription pathway / dendrite development / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of proteolysis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / response to amyloid-beta / histone deacetylase complex / hair follicle placode formation / Regulation of MECP2 expression and activity / NF-kappaB binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to retinoic acid / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / response to amphetamine / heat shock protein binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to cocaine / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to nicotine / circadian regulation of gene expression / protein modification process / NoRC negatively regulates rRNA expression / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / cellular response to hydrogen peroxide / histone deacetylase binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / chromosome, telomeric region / クロマチンリモデリング / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ヒストン脱アセチル化酵素 / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Bera, A.K. / Hosseinzadeh, P. / Watson, P. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Anchor extension: a structure-guided approach to design cyclic peptides targeting enzyme active sites.
著者: Hosseinzadeh, P. / Watson, P.R. / Craven, T.W. / Li, X. / Rettie, S. / Pardo-Avila, F. / Bera, A.K. / Mulligan, V.K. / Lu, P. / Ford, A.S. / Weitzner, B.D. / Stewart, L.J. / Moyer, A.P. / Di ...著者: Hosseinzadeh, P. / Watson, P.R. / Craven, T.W. / Li, X. / Rettie, S. / Pardo-Avila, F. / Bera, A.K. / Mulligan, V.K. / Lu, P. / Ford, A.S. / Weitzner, B.D. / Stewart, L.J. / Moyer, A.P. / Di Piazza, M. / Whalen, J.G. / Greisen, P.J. / Christianson, D.W. / Baker, D.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
F: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
G: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
H: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,32228
ポリマ－134,7456
非ポリマー2,57722
水17,439968
1
A: Histone deacetylase 2
F: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,07311
ポリマ－44,9152
非ポリマー1,1589
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 2
G: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7289
ポリマ－44,9152
非ポリマー8137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 2
H: U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5218
ポリマ－44,9152
非ポリマー6066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.349, 97.665, 138.989
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCFGH

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / / HD2


分子量: 43897.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, ヒストン脱アセチル化酵素
#2: タンパク質・ペプチド U2M-ASN-PRO-LYS-GLN-DLY-TRP-GLY peptide macrocycle


分子量: 1017.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 990分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→43.82 Å / Num. obs: 183886 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.84 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 17064 / CC1/2: 0.539

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17rc1_3605精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lxz

4lxz


解像度: 1.54→43.82 Å / SU ML: 0.1577 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6036
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1924 9349 5.08 %
Rwork0.1628 --
obs0.1643 183886 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→43.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8929 0 359 975 10263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01249607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.231212931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07621318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00881662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.12765731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.560.29732390.26254627X-RAY DIFFRACTION79.51
1.56-1.580.26263370.25035751X-RAY DIFFRACTION99.82
1.58-1.60.24443320.23215778X-RAY DIFFRACTION99.92
1.6-1.620.26193080.22715806X-RAY DIFFRACTION99.9
1.62-1.640.25673250.22295797X-RAY DIFFRACTION99.79
1.64-1.660.22882920.21335804X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.26892790.2065875X-RAY DIFFRACTION99.95
1.68-1.710.23573140.1975759X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.740.22062920.19085831X-RAY DIFFRACTION99.92
1.74-1.760.22063160.18175814X-RAY DIFFRACTION99.98
1.76-1.790.1953230.16915824X-RAY DIFFRACTION99.93
1.79-1.830.21093040.17055791X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.860.18813160.1735831X-RAY DIFFRACTION99.93
1.86-1.90.22843350.18085798X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.20223180.17745808X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.20252850.17075869X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.20262910.1655883X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.090.1912680.16265867X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.150.18083010.16135859X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.220.19943230.16165866X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.30.1773400.15715822X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.390.18563090.15665863X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.50.19992890.16085896X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.18323380.15755868X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.19073510.15675860X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.020.1873080.165890X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.320.19583700.15755881X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.1733050.13785971X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.790.15283070.12826022X-RAY DIFFRACTION100
4.79-43.820.18283340.16726226X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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