PDB-6w2r: Junction 19, DHR54-DHR79

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w2r

タイトル

Junction 19, DHR54-DHR79

要素

Junction 19 DHR54-DHR79

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) /

helical bundle (ヘリックスバンドル) / designed helical repeat / computational design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.344 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions.
著者: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D.

履歴

登録	2020年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w2r.cif.gz	410.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w2r.ent.gz	340.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w2qC 6w2vC 6w2wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z3r-4 1sum-d 2z3r-7 4zj9-1 2z3q-2 1zg1-1 2z3r-2 3ds7-2 4l3n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Junction 19 DHR54-DHR79

B: Junction 19 DHR54-DHR79

C: Junction 19 DHR54-DHR79

D: Junction 19 DHR54-DHR79

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Junction 19 DHR54-DHR79

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Protein was determined to be monomeric by SAXS, with an expected radius of gyration and a Vr score that indicates the protein in solution closely matches the design.
26.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Junction 19 DHR54-DHR79

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Junction 19 DHR54-DHR79

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Junction 19 DHR54-DHR79

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.674, 109.666, 81.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Junction 19 DHR54-DHR79 分子量: 26226.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: Crystals were grown in Qiagen JCSG+ condition E5 (0.1M CAPS pH 10.5, 40% MPD) and required no additional cryopreservation

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月7日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.344→50 Å / Num. obs: 36576 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	3.9	1.046	1573	0.509	0.564	1.196	0.834	84.4
2.39-2.43	4.3	1.072	1717	0.62	0.559	1.215	0.855	91.5
2.43-2.48	4.9	1.105	1765	0.727	0.545	1.236	0.87	95.8
2.48-2.53	5.3	0.947	1802	0.828	0.446	1.048	0.847	96.2
2.53-2.59	5.5	0.879	1803	0.844	0.404	0.968	0.85	96.4
2.59-2.65	5.6	0.738	1821	0.896	0.336	0.812	0.871	97.3
2.65-2.71	5.6	0.628	1821	0.903	0.286	0.691	0.901	97.5
2.71-2.79	5.6	0.535	1843	0.939	0.244	0.589	0.896	98.3
2.79-2.87	5.7	0.419	1837	0.965	0.191	0.461	0.953	98.1
2.87-2.96	5.7	0.31	1847	0.973	0.142	0.342	0.932	98.6
2.96-3.07	5.7	0.227	1854	0.987	0.103	0.25	0.96	99.1
3.07-3.19	5.8	0.169	1864	0.991	0.077	0.185	1.024	99.2
3.19-3.33	5.9	0.154	1860	0.99	0.069	0.169	1.029	99.4
3.33-3.51	5.9	0.111	1854	0.993	0.05	0.122	1.004	99.3
3.51-3.73	5.9	0.082	1857	0.996	0.037	0.09	1	99.4
3.73-4.02	5.8	0.061	1871	0.998	0.028	0.067	0.963	99.7
4.02-4.42	5.7	0.048	1894	0.998	0.022	0.053	1.086	99.5
4.42-5.06	5.8	0.042	1872	0.999	0.019	0.046	1.05	99.7
5.06-6.37	6	0.045	1890	0.999	0.02	0.05	1.023	99.7
6.37-50	5.9	0.03	1931	0.999	0.014	0.033	0.978	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.34 Å	46.39 Å
Translation	2.34 Å	46.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	dev-2849	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000	2.3.10	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.344→46.386 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2741	1795	5.5 %
R_work	0.2435	-	-
obs	0.2452	32657	86.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 385.92 Å² / B_iso mean: 80.0808 Å² / B_iso min: 28.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.344→46.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5701	0	0	14	5715
B_iso mean	-	-	-	55.57	-
残基数	-	-	-	-	863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.395	7786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.26	3593

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.344-2.4069	0.4035	99	0.3938	1643	61
2.4069-2.4778	0.3814	109	0.3351	1916	70
2.4778-2.5577	0.3327	112	0.3263	2043	75
2.5577-2.6491	0.3326	127	0.307	2106	78
2.6491-2.7552	0.3546	138	0.2886	2258	83
2.7552-2.8806	0.3439	133	0.279	2320	86
2.8806-3.0324	0.2809	149	0.2557	2496	91
3.0324-3.2223	0.2832	150	0.254	2563	94
3.2223-3.4711	0.3053	152	0.265	2621	96
3.4711-3.8202	0.2545	160	0.2278	2719	98
3.8202-4.3727	0.2347	152	0.1917	2694	99
4.3727-5.5077	0.2061	155	0.2289	2726	99
5.5077-46.386	0.287	159	0.234	2757	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.4215 Å / Origin y: 31.3397 Å / Origin z: 12.0702 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4336 Å²	-0.0181 Å²	0.0525 Å²	-	0.4015 Å²	-0.0013 Å²	-	-	0.3476 Å²
L	0.1593 °²	0.1784 °²	0.5206 °²	-	0.0645 °²	-0.0408 °²	-	-	1.318 °²
S	-0.0512 Å °	-0.019 Å °	0.0179 Å °	-0.0419 Å °	0.0709 Å °	-0.0347 Å °	-0.4024 Å °	-0.0832 Å °	-0.0139 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	3 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 14

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関連情報:EMDBヘッダ

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