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- PDB-6vp4: Ethylene forming enzyme (EFE) in complex with Fe(II), L-arginine,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vp4
タイトルEthylene forming enzyme (EFE) in complex with Fe(II), L-arginine, and 2OG
要素2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 2-oxo-glutarate / iron (鉄) / reactant complex (試薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / 2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / ethylene biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / アルギニン / : / 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Davis, K.M. / Copeland, R.A. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129460 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: An Iron(IV)-Oxo Intermediate Initiating l-Arginine Oxidation but Not Ethylene Production by the 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase, Ethylene-Forming Enzyme.
著者: Copeland, R.A. / Davis, K.M. / Shoda, T.K.C. / Blaesi, E.J. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2020年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
C: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
D: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,75717
ポリマ－157,9664
非ポリマー1,79113
水19,9431107
1
A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8694
ポリマ－39,4921
非ポリマー3773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8694
ポリマ－39,4921
非ポリマー3773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8694
ポリマ－39,4921
非ポリマー3773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1515
ポリマ－39,4921
非ポリマー6594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.730, 78.807, 195.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.665, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme / Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine ...Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / Alpha-ketoglutarate-dependent ethylene forming enzyme


分子量: 39491.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
遺伝子: efe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32021, 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming), 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming)

-
非ポリマー , 5種, 1120分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 0.1-0.2 M sodium chloride, 24-30% PEG6000
PH範囲: 6.4-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月18日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→40.77 Å / Num. obs: 132130 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.64 Å2 / Rpim(I) all: 0.03098 / Net I/σ(I): 18.82
反射 シェル解像度: 1.83→1.89 Å / Num. unique obs: 12759 / Rpim(I) all: 0.3007

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
PHENIX1.15.2_3472位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5LSQ

5lsq


解像度: 1.83→40.77 Å / SU ML: 0.1809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.7854
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 2005 1.52 %
Rwork0.1745 --
obs0.1748 132010 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10458 0 111 1107 11676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005610951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73214918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05841600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.60743953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.870.25841490.24418860X-RAY DIFFRACTION95.16
1.87-1.920.2571410.22249253X-RAY DIFFRACTION98.7
1.92-1.980.27841310.21049287X-RAY DIFFRACTION98.73
1.98-2.050.20581370.19819185X-RAY DIFFRACTION98.71
2.05-2.120.25011460.19519274X-RAY DIFFRACTION98.64
2.12-2.20.19611500.18969175X-RAY DIFFRACTION98.53
2.2-2.30.25471410.19389292X-RAY DIFFRACTION98.84
2.3-2.420.22061440.18619217X-RAY DIFFRACTION98.74
2.42-2.580.22871440.18589334X-RAY DIFFRACTION98.94
2.58-2.780.19971350.17969369X-RAY DIFFRACTION99.3
2.78-3.050.19281480.17959351X-RAY DIFFRACTION99.6
3.05-3.50.19261490.16459396X-RAY DIFFRACTION99.69
3.5-4.40.16941470.14119453X-RAY DIFFRACTION99.65
4.4-40.770.14351430.1589559X-RAY DIFFRACTION99.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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