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Yorodumi- PDB-5lsq: Ethylene Forming Enzyme from Pseudomonas syringae pv. phaseolicol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lsq | |||||||||
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Title | Ethylene Forming Enzyme from Pseudomonas syringae pv. phaseolicola - I222 crystal form | |||||||||
Components | Ethylene Forming Enzyme | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate and ferrous iron dependent oxygenase / ethylene forming / double stranded beta helix | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / 2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / ethylene biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas syringae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Zhang, Z. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | |||||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Structural and stereoelectronic insights into oxygenase-catalyzed formation of ethylene from 2-oxoglutarate. Authors: Zhang, Z. / Smart, T.J. / Choi, H. / Hardy, F. / Lohans, C.T. / Abboud, M.I. / Richardson, M.S.W. / Paton, R.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lsq.cif.gz | 159.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lsq.ent.gz | 124.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lsq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 40699.867 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal His-tagged / Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae (bacteria) / Plasmid: pCold I / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P32021 |
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-Non-polymers , 5 types, 395 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-CL / | ||
#4: Chemical | ChemComp-B3P / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% polyethylene glycol, 0.1 M MMT buffer, pH7.5, 0.05 Sodium/potatssium tartrate, protein concentration 20mg/mL, 0.003 MnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91739 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2014 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91739 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→39.795 Å / Num. obs: 55915 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 15.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 19.2 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.55→39.795 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.28 Å2 / Biso mean: 19.9885 Å2 / Biso min: 8.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→39.795 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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