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- PDB-6vjt: Co-crystals of broadly neutralizing antibody with the linear epit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjt
タイトルCo-crystals of broadly neutralizing antibody with the linear epitope from Hepatitis B surface antigen
要素
  • Heavy Chain Fab Fragment of Monoclonal Ab15
  • Light Chain Fab Fragment of Monoclonal antibody A15
  • antigenic region 139-148 of Hepatitis B surface antigen protein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (抗ウイルス薬) / Hepatitis B / HepB / Fab / Ab / antibody (抗体) / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (抗ウイルス薬)
機能・相同性Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / virion membrane / Large envelope protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Oren, D.A. / Nussenzweig, M.C. / Wang, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)PHS AI129795 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: A Combination of Human Broadly Neutralizing Antibodies against Hepatitis B Virus HBsAg with Distinct Epitopes Suppresses Escape Mutations.
著者: Wang, Q. / Michailidis, E. / Yu, Y. / Wang, Z. / Hurley, A.M. / Oren, D.A. / Mayer, C.T. / Gazumyan, A. / Liu, Z. / Zhou, Y. / Schoofs, T. / Yao, K.H. / Nieke, J.P. / Wu, J. / Jiang, Q. / ...著者: Wang, Q. / Michailidis, E. / Yu, Y. / Wang, Z. / Hurley, A.M. / Oren, D.A. / Mayer, C.T. / Gazumyan, A. / Liu, Z. / Zhou, Y. / Schoofs, T. / Yao, K.H. / Nieke, J.P. / Wu, J. / Jiang, Q. / Zou, C. / Kabbani, M. / Quirk, C. / Oliveira, T. / Chhosphel, K. / Zhang, Q. / Schneider, W.M. / Jahan, C. / Ying, T. / Horowitz, J. / Caskey, M. / Jankovic, M. / Robbiani, D.F. / Wen, Y. / de Jong, Y.P. / Rice, C.M. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain Fab Fragment of Monoclonal Ab15
L: Light Chain Fab Fragment of Monoclonal antibody A15
P: antigenic region 139-148 of Hepatitis B surface antigen protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4173
ポリマ－48,4173
非ポリマー00
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.848, 71.150, 134.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain Fab Fragment of Monoclonal Ab15


分子量: 24024.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: IGgamma1 / 詳細 (発現宿主): von Boehmer et al., 2016 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain Fab Fragment of Monoclonal antibody A15


分子量: 23310.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: IGchai / 詳細 (発現宿主): von Boehmer et al., 2016 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド antigenic region 139-148 of Hepatitis B surface antigen protein


分子量: 1081.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: A0A5A4RHH5*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % / 解説: plates
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus position E1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月3日
詳細: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator.
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→134.7 Å / Num. obs: 46432 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 598818
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.8212.11.2562847623560.7930.3661.311.391
9.09-134.710.70.04546974380.9990.0140.04847.399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDS1.11.7データ削減
XDS0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GGU

5ggu


解像度: 1.782→67.352 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 1999 4.31 %random
Rwork0.1816 44329 --
obs0.1835 46328 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.32 Å2 / Biso mean: 39.4993 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.782→67.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 0 361 3738
Biso mean---43.72 -
残基数----447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.782-1.82650.29251290.2762287092
1.8265-1.87590.28141410.23723130100
1.8759-1.93110.27491420.21943149100
1.9311-1.99340.26221420.21163142100
1.9934-2.06470.28961410.20723126100
2.0647-2.14730.23591420.19253148100
2.1473-2.24510.22571430.18653172100
2.2451-2.36340.24211440.20033179100
2.3634-2.51150.24761420.19433155100
2.5115-2.70540.27031430.20933181100
2.7054-2.97770.26461450.20563200100
2.9777-3.40860.21591440.18633211100
3.4086-4.29430.22041470.16143252100
4.2943-67.3520.17611540.15133414100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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