[日本語] English
万見
- PDB-6umk: Structure of E. coli FtsZ(L178E)-GDP complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umk
タイトルStructure of E. coli FtsZ(L178E)-GDP complex
要素Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE / FtsZ / E. coli / model system / closed state
機能・相同性
機能・相同性情報


divisome complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / cell division / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal ...Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: High-resolution crystal structures of Escherichia coli FtsZ bound to GDP and GTP.
著者: Schumacher, M.A. / Ohashi, T. / Corbin, L. / Erickson, H.P.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1922
ポリマ－31,7491
非ポリマー4431
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.427, 85.189, 41.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 31748.955 Da / 分子数: 1 / 変異: L178E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftsZ, D4U49_01465, DNQ92_00675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3T9KGL2, UniProt: P0A9A6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Peg 8000, cacodylate pH 6.5, Calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→35.915 Å / Num. obs: 52607 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.035 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 3192 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.69

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VAW

2vaw


解像度: 1.35→35.915 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 1994 3.79 %
Rwork0.1862 --
obs0.1869 52607 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.2 Å2 / Biso mean: 25.0634 Å2 / Biso min: 9.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→35.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2176 0 28 328 2532
Biso mean--18.25 33.28 -
残基数----303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3501-1.38380.30951210.2306307082
1.3838-1.42130.24541410.2296362398
1.4213-1.46310.24961460.2257367899
1.4631-1.51030.22991450.2107365298
1.5103-1.56430.21251450.2083367898
1.5643-1.62690.24451450.1986368099
1.6269-1.7010.22221440.1927366999
1.701-1.79060.21991440.1997365698
1.7906-1.90280.21481430.1932363798
1.9028-2.04970.19181420.1926360996
2.0497-2.2560.21291440.1822363497
2.256-2.58230.20291440.18367098
2.5823-3.25310.18831440.1886366498
3.2531-35.9150.18861460.1679369397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04640.0032-0.02730.06360.01960.0346-0.0362-0.1180.00360.1090.03310.13660.0421-0.1233-0.00440.1477-0.00770.01920.1297-0.00670.10610.509-7.6117.019
20.002-0.0013-0-0-0.00210.0035-0.00260.00740.00630.0099-0.02950.00260.0040.0086-00.35650.056-0.11970.4148-0.04470.26429.205-11.63227.665
30.0797-0.0287-0.09360.0713-0.02760.0765-0.04140.0234-0.09670.02190.0447-0.024-0.00150.1048-0.02660.1403-0.0062-0.00050.109-0.02740.121520.755-10.22610.569
40.040.0272-0.02350.0082-0.01050.0302-0.03570.0539-0.067-0.06970.0223-0.1417-0.11210.205-0.00010.1181-0.02370.00790.1546-0.01460.126527.3910.55510.983
50.0050.0261-0.02010.018-0.02540.02790.0493-0.03160.22210.0298-0.04380.0864-0.0153-0.1210.00650.146-0.01090.03050.1196-0.02630.168812.2666.34213.492
60.083-0.01640.08160.1331-0.06460.2068-0.05150.38690.1832-0.05880.21120.14510.02010.07370.07570.1277-0.00720.00180.13930.0940.206510.3177.88-3.285
70.07010.06090.12470.16960.1830.3896-0.24890.22280.2297-0.10390.25480.3783-0.04080.25180.06080.1145-0.0664-0.01860.15040.21610.25519.12310.303-5.461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 11:64 )A11 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 65:73 )A65 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 74:138 )A74 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 139:169 )A139 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 173:201 )A173 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 202:248 )A202 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 249:316 )A249 - 316

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る