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Yorodumi- PDB-4rkz: Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidop... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rkz | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidophilum (Mevalonate 3-Phosphate/ADP Bound) | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein Ta1305 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / mevalonate / mevalonate-3-kinase / mevalonate pyrophosphate decarboxylase / mevalonate diphosphate decarboxylase / mevalonic acid / mevalonate kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mevalonate 3-kinase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / kinase activity / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Vinokur, J.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Bowie, J.U. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2015 Title: Structural analysis of mevalonate-3-kinase provides insight into the mechanisms of isoprenoid pathway decarboxylases. Authors: Vinokur, J.M. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Collazo, M. / Cascio, D. / Bowie, J.U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rkz.cif.gz | 135.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rkz.ent.gz | 102.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rkz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4rkpSC 4rksC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU
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-Components
#1: Protein | Mass: 37278.457 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) Strain: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 Gene: Ta1305 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HIN1 #2: Chemical | ChemComp-ADP / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 5 mM mevalonate 3-phosphate and ADP generated ...Details: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 5 mM mevalonate 3-phosphate and ADP generated enzymatically, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9789 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→86.891 Å / Num. all: 34215 / Num. obs: 34215 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 53.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4RKP Resolution: 2.3→86.891 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.1158 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→86.891 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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